我国土地总量大而人均少,人地矛盾非常尖锐,这是我国的基本国情。20世纪80年代初实行的家庭联产承包责任制确实促进了当时农村经济的发展,大大调动了农民的积极性。但是,随着市场经济的发展,农村也发生了翻天覆地的变化,家庭联产承包责任制带来的农地经营规模过小、资源重复配置等矛盾已不容忽视。农地流转提高了土地的利用效率,为农地的规模化经营奠定了基础,在农村得到了发展。农地流转模式也从开始的简单租赁、转包到较为完善的反租倒包、土地入股等,尤其近些年来,随着农村城镇化进程的加快,农村土地流转更加活跃起来,农地流转在农户的不断摸索中日益完善,但在农地流转的过程中存在着诸多问题,这些问题已经侵害到农民的合法权益。本文主要研究在农地流转过程中农民权益受到的侵害,并探寻在现行的农地流转模式下如何保护农民的权益。本文从农地流转和保护农民权益的角度出发,首先简要的介绍了研究本题的意义、研究中涉及到的基本理论,并详细介绍和评价了我国农地利用的基本制度,以及我国现阶段农地流转的现状和现存的农地流转模式,并分析了不同农地流转模式对农民权益的影响。其次,本文分析了不同主体利用农地时农民权益发生的变化。农地流转过程中出现了不同的利用主体,分为以外商为主体利用农地、以政府为主体的农地征用、以村集体为主体的农地利用以及农民自发进行的农地流转,不同主体利用农地时农民的权益变化各不相同。现阶段关于农民利益受损的研究中以此角度作为研究切入点的尚处于空白,故分析不同主体利用农地对农民权益的影响以图深化研究对农民权益保护的不同主体选择,是本文尝试的一个创新。再次,本文介绍了农民在农地流转过程中受到的侵害,包括农地流转操作不规范,农民权益受到侵害；土地的农业用途被改变,农民的权益无法保障；土地征用补偿过低,不能满足农民的基本生活需求；侵害农民集体土地所有权益以及法律法规的不健全导致农民权益受侵害后无处诉求。进而,文章分析了农民权益受侵害的原因以及保护农民权益的不同主体选择,从政府、村委会以及农民自身三个角度分别做了说明。最后,本文提出了保护农民权益的政策建议,包括土地模式的优化,社会保障体系的健全,农地流转市场的完善以及鼓励农村社团组织的发展。农民权益的保护关系到农地流转是否能正常运行,关于农地流转过程中对农民权益的保护得到了党中央及学术界的重视,相信在各界不断努力下,农民权益保护会得到落实,从而,农地流转能在健康环境下发展。