我国玉米自交系种群的划分多而复杂，严重影响了育种效率，通过对杂种优势群的正确分类，建立合理的杂优模式，能有效提高育种效率，对玉米育种的研究具有重大意义。本实验以国内6个标准测验种作为参考，采用SSR分子标记技术，研究了来自甘肃平凉玉米育种站的96份玉米自交系的种质群体关系，主要研究结果如下：1、本实验对玉米种子的萌发技术做了优化，研究发现在稀释2-3倍的营养液中浸种子8-12小时，控制营养液的温度在30-40℃对玉米种子的萌发最有利。2、利用CTAB法和0.1mol/L的NaOH溶液快速提取法分别对玉米种子黄化苗和籽粒提取DNA，并对两种方法进行了比较分析。结果发现利用玉米籽粒快速提取DNA的方法不仅操作简便、快速而且经济、安全，但此方法提取的DNA质量不是很高，适用于对DNA质量要求不高的研究分析。使用CTAB法从玉米叶片或黄化苗中提取DNA通常需要用液氮充分研磨、水浴等操作，而且需要有毒性和易挥发的试剂，如氯仿、异戊醇和异丙醇等，整个操作步骤比较复杂也对人体有害。但是由于CTAB法提取过程中有抽提、洗涤等步骤，能够降低杂质，提取的DNA纯度相对更高。3、本实验对来自平凉育种站的96份玉米自交系和6个国内通用的标准测验种进行遗传多样性分析，选用70对均匀分布在玉米基因组上的SSR引物，通过UPGMA聚类分析，将102份玉米自交系划分为6个亚群，最终合并为2大群，即SS（旅大红骨、PA、Reid）和NSS（PB、四平头、Lancaster）。为进一步验证群体的准确性，将目标群体用Structure2.3.1软件进行杂优模式的划分，得到最合适的K＝6，即目标群体中存在6个亚群，同时生成Q-matrix，进而评估了群体遗传结构，研究结果表明，供试材料中有213个等位基因变异，每对引物检测出等位基因数2-7个，平均3.610个。多态性信息量变化范围为0.245-0.846，平均0.614。102个玉米自交系间的遗传相似系数范围在0.282-0.882，平均0.670。