万历四十四年(1616)南京礼部侍郎沈氵隺发起的反对天主教运动,被称为"南京教案".利玛窦的"补儒易佛"传教策略引起儒佛耶之间的早期争论,但他通过学术交流的传教方式把争端限制在学术范围之内.龙华民主持中国教务后,鼓励王丰肃在南京扩大传教规模,儒佛耶之争迅速激化,最终导致南京教案爆发.南京教案发生后,教徒被捕,教堂被封,传教士在经过审讯之后被遣送澳门.天主教在华传教事业遭受重大挫折,儒佛人士对天主教展开更为深入全面的批判,明末儒佛耶之争进一步深化.普通民众、反教士绅、护教人士、万历皇帝对南京教案的不同反应,显示出儒佛耶之争贯穿于南京教案的始终,南京教案是儒佛力量联合起来反对天主教的结果.有关南京教案的史料主要保存在《圣朝破邪集》中,该文最后部分通过对该书的作者、版本与内容的考察,指出它在南京教案的研究中具有重要文献价值.