油茶是我国南部特有的木本食用油料树种,油茶炭疽病是油茶生产上的重要病害之一,严重影响油茶的产量和质量。本论文采集全国油茶产区发病叶片997片,分离病原菌约2000株,由形态学特征和科赫法则筛选出的104株油茶炭疽病菌株为最终研究对象。采用Ap-Mat基因片段序列作为分类的标记依据,通过序列比对和遗传分析,探讨分析了油茶炭疽菌的遗传进化方向,分析了我国不同地区油茶炭疽病种群的遗传结构特征;利用叶片DNA的SSR分子标记对全国不同地域条件油茶品系进行序列分析,研究了炭疽菌与寄主油茶之间的种系发生关系,并对基因交流引起的扩散传播路径进行了预测。研究结果为油茶炭疽病与寄主互作提供理论基础。主要结论如下:（1）油茶炭疽菌遗传多样性及种群遗传结构。从全国9个省份22个样地分离获得104株油茶炭疽病菌,这104株菌均能使油茶叶和果实致病,结合菌株形态特点以及Ap-Mat基因系统生长和发育研究,明确了油茶炭疽病的病原菌6种。基于Ap-Mat基因片段序列,对104株油茶炭疽菌的群体遗传学进行了分析。多态性分析表明海南地区炭疽菌拥有8个基因型,是各省丰富度最高的;与其相反,湖北地区仅有2个基因型,且通过系统发育树可以看到湖北地区都是果生刺盘孢菌C.fructicola,表明湖北省是丰富度最低,最稳定的地域。通过中性检验我们还发现了不同地理群体间遗传分化的显著统计现象,湖北地区、江西地区和云南地区种群中性检验到达显著的统计学水平,其中湖北与江西Taijima’s D、Fu&Li’ s D*和Fu&Li’ s F*值均为负值,说明该区油茶炭疽菌种群存在大量的低频等位基因位点,历史上有种群扩张的现象。可以看出,全国的油茶炭疽菌从湖北、江西中部朝四周辐射扩散,分化程度从轻度到重度。104株样品总共有20种单倍型,多态位点达523个。（2）油茶炭疽病分子溯源。就全国范围的油茶品种来看,叶片DNA具有显著的谱系地理结构,最大似然法（ML）构建的系统发育树有8支支持率比较高的分支,这些分支存在明显的地理分布模式。油茶品系的发育方向分2个方向,一个是海南五指山的当地品系,没有与其他品系交叉或者嫁接;另一个方向是浙江→福建→江西→湖北→河南→湖南→云南→贵州,品系发展方向为闽系列→赣无性系→鄂油系→长林系→湘林系。长林系列与湘林系列则是现阶段全国范围内最具优势的油茶品系。（3）油茶和油茶炭疽菌种系协同进化研究。不同的油茶炭疽菌在同一实验条件下生长速率和产孢量差异达显著水平,证实了寄主油茶的品系对炭疽菌生物学特性的影响。果生炭疽菌Colletotrichum fructicola是当前覆盖范围最大的病菌类型,样本采样省份主要有于云、贵、湘、冀、浙、赣、闽、粤等8省,分离率达到63.11%,是6种炭疽菌中最高;暹罗刺炭疽菌Colletotrichum siamense也在多省广泛分布,主要有江、浙、湘、闽、贵、冀、云等7省,分离率为11.54%;Colletotrichum aeschynomenes在浙江和江西省分离获得2个菌株,数量较少,分离率有1.92%;胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides目前只出现在我国河南省,分离率为0.96%;山茶炭疽菌Colletotrichum.camelliae分布在贵州、福建、云南3个省份,分离率为4.81%左右;首例Colletotrichum sp.样本（1株）来自河南;13株疑似新种菌,分别来自海南、江西、浙江,分离率12.50%,说明不同炭疽菌属对不同油茶品系具有一定的偏好性。随着油茶品系的扩散,各省不同炭疽菌属的单倍型数量与丰富度都发生了变化,从基因角度证明了炭疽菌与油茶之间存在协同进化关系。