目的:甲状腺癌是世界范围内最常见的内分泌恶性肿瘤,其中甲状腺乳头状癌（Papillary thyroid carcinoma,PTC）是最常见的病理类型,约占甲状腺癌的90%。PTC患者一般表现为甲状腺结节。B超检查后仍有约10-40%的甲状腺结节性质无法确定,目前指南推荐这部分患者可进行细针穿刺（FNA）来确认其性质。但即使基于FNA的细胞学结果,也有约7-28%的患者最终仍需接受诊断性手术。此外,PTC有明显的向淋巴结转移的倾向,而术前全面评估淋巴结转移状况可以指导治疗方案的制定,减少PTC复发、二次手术等风险。我们分析了FNA的细胞学和分子学结果,并利用质谱法筛选了手术样本不同甲状腺病变中差异性表达的蛋白,旨在从分子水平对甲状腺病变的诊断和治疗进行优化。方法:我们连续地纳入了2307名于2016年4月至2018年10月在上海交通大学医学院附属仁济医院行FNA检查的患者。我院FNA报告包括病理（the Bethesda System for Reporting Thyroid Cytopathology,BSRTC）和分子检测BRAFV600E突变结果。我们使用χ~2检验分析BSRTC分级以及PTC人群临床病理特点与肿瘤大小和BRAFV600E突变的关系;使用ROC曲线法计算BSRTC（B模型）,BRAFV600E（M模型）突变状态,以及二者共同分析时（BM模型）甲状腺结节性质的预测准确度。利用高效液相色谱串联质谱法（HPLC-MS）法对良性甲状腺病变标本、PTC不伴侧区淋巴结转移和PTC伴侧区淋巴结转移标本各10例进行蛋白组学分析。使用Maxquant软件对Swiss Prot数据库进行搜索,R软件进行针对差异蛋白表达的分析、GO分析、KEGG富集。结果:FNA人群中,随着BSRTC分级的上升（II-VI）,BRAFV600E突变率依次上升（P=0.000）。甲状腺乳头状微小癌（PTMC,最大径<1cm的PTC）中,BRAFV600E突变阳性与多灶性显著相关（P=0.007）,年龄、性别、中央区（CLNM）和侧区淋巴结转移（LLNM）均与BRAFV600E突变状态无关（P>0.05）。BM模型表现出最高的AUC,为0.889（P<0.05）。HPLC-MS法检出PTC标本相比甲状腺良性病变高表达DPP4、CTSB、PC等294种蛋白（FC>1.5,P<0.05）,GO富集分析示溶酶体系统功能高度激活,KEGG通路富集结果示t RNA酰基化和溶酶体功能高度激活。结论:BRAFV600E突变检测可以进一步提高FNA的术前诊断准确度。BRAFV600E突变与患者CLNM无关,因此是否进行中央区淋巴结清扫不应根据BRFV600E突变状态决定。PTC与与良性甲状腺病变,以及有或无LLNM的PTC间均有显著差异。PTC的发生与溶酶体、囊泡转运、蛋白修饰等步骤关系密切。