为了既保护农民的土地承包经营权,又能有效促进土地流转,十八届三中全会提出了“三权分置”的改革措施,农村集体土地上的权利分为土地所有权、土地承包权和土地经营权。2018年12月29日,《中华人民共和国农村土地承包法修正案(草案)》在全国人大常委会通过,其中第36条,明确规定了土地经营权可以依法采取入股的方式流转。土地经营权入股农民专业合作社在提高农民收益、实行农业现代化经营、激活农村土地经济功能方面有着巨大的作用,是中央政策关于“放活土地经营权”的具体举措,也是现阶段土地权利入股的几种模式中对农民比较有意义的。但新法对土地经营权的性质并没有明确,土地经营权入股的有关配套规定也尚未完善,因此需要对此进行深入研究,以完善土地经营权入股农民专业合作社的相关制度。本文除引言和结语外,共分为四部分:第一部分,在法律修改的新背景下,分析了土地经营权的法律性质,在此基础上分析了以不同性质的土地经营权入股的可能性及其不同的影响。第二部分,首先从农民专业合作社的定义以及运作模式、特征、财产所有权归属等方面入手,对农民专业合作社在入股方面的特殊性进行了分析。然后对以土地经营权入股农民专业合作社模式、入股股份合作制企业、入股有限责任公司三种实践模式进行了比较,发现以土地经营权入股农民专业合作社模式是当前对农民较合适、较有利的发展模式。第三部分,当前土地经营权入股农民专业合作社存在的主要法律问题分析。从价格评估制度缺失、成员大会选举和表决制度的不合理、收益分配制度不够完善以及退伙清算制度缺失等方面阐述了现阶段土地经营权入股农民专业合作社存在的法律问题。第四部分,完善土地经营权入股农民专业合作社的对策建议。针对第三部分存在的法律问题,提出来具体的完善对策。首先,完善土地经营权入股农民专业合作社的对策建议。针对第三部分存在的法律问题,提出来具体的完善对策。从土地经营权的价值如何确定和建立专业的价格评估方式两方面提出来完善建议;然后对现阶段成员大会的选举和表决制度提出了自己的改进建议,如可追加借鉴股份有限公司模式下的“特别投票权”制度,完善“附加投票权”制度;最后,对健全农民专业合作社的退伙清算制度方面,提出具体的解决措施。