晶体中蛋白质之间的相互作用

来源 :中国科学院生物物理研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kookzhu
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该项工作探讨了从蛋白质晶体学所得到的晶体结构中识别晶体多聚体的方法;并以晶体多聚体为基础划分了蛋白质晶体堆积的类型;基于晶体多聚体,晶体中蛋白质间的结合面被分为包埋在多聚体内的、包埋在多聚体间的和暴露在溶液中的等不同类型;针对所有胰岛素的晶体和1378个线性肽链晶体,分析了它们的晶体堆积类型,并对各类接触面的疏水性和氨基酸残基分布完成了统计分析.对晶体多聚体聚集方式的分析发现,多聚体可以由单体-单体的结合形成,也可以由单体先聚集为聚集簇,再由聚集簇-聚集簇结合形成.通过由不对称单位到晶体多聚体的计算方法的探讨,发现每个晶体多聚体都可以由一个多聚体生成群产生.而这个多聚体生成群又可以由一个生成元集合生成.由于有较多的数据和以不同的方式对结合面的分类,统计分析显示了许多新结果.对结合面积和结合率的统计分析表明,存在按指数分布的结合面和在较宽的范围内是平坦分布的结合面(较早的分析只显示了粗略的指数分布,Janin,1997),两者之比约为9:1.前者反映了由蛋白质形状多样性产生的晶体堆积面的表观随机性,后者是经过进化选择的导致强结合的面的分布.该项工作首次将那些需要先聚集为多聚体,然后再结晶的蛋白的单体表面列为单项进行了疏水性分析,发现比用单体直接结晶的蛋白单体的表面有更高的疏水性,但是两种表面有相同的分布方差.这表明多聚化掩盖了强的疏水作用面,使多聚体更宜于与溶液相互作用,并有助于晶体堆积.用于多聚体结合的表面(包埋在多聚体内的表面)是强相互作用表面,这种表面的疏水性分布有疏水的主峰(均值65.7,方差5.8)和一个副峰(均值50.8,方差6.3).两种成分之比为0.91:0.09.这表明强相互作用表面在采用更疏水和更亲水的表面的同时,更多地使用疏水表面.这与以前采用疏水表面的看法一致,但更进一步(Janin et al.,1988).晶体堆积表面和多聚体结合面都是蛋白-蛋白相互作用表面,它们的共同特征是更多地使用疏水和亲水表面.这一事实提示,蛋白-蛋白相互作用与发生在若干残基的尺寸范围内的疏水相和亲水相的相析出过程有相似之处.这些简单分析所发现的各种表面性质激发我们对这些表面做更深入细致的分析.
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