重新建构基层政府与农民关系是保障我国农村社会健康发展的前提。基层政府与农民关系在转型期发生了畸变，矛盾增多，对立程度增强，这主要表现在以下五个方面：第一，相对有限的农业税收提取与不断增长的基层政府机构供养之间的矛盾；第二，基层政府最大限度追求自身利益与农民利益的矛盾；第三，基层政府行政指令的强制性与农民自由经营权的矛盾；第四，基层政府对上负责与对下负责的矛盾；第五，基层政府官员短任期制造成的短期行为与农村社会长远发展的矛盾。以上矛盾的不断加强导致了近年来农民非制度化政治参与不断增加。 基层政府与农民关系中上述矛盾的产生有着强大的历史和现实根源。我国长期封建传统的影响；计划经济体制下形成的全能、指令型政府还不能适应市场和农民的需要；政治与行政管理体制方面的改革滞后以及农民自身存在诸多缺陷，这些是基层政府与农民关系出现矛盾的主要原因。 重新构造基层政府与农民关系，必须完成以下两方面的转换。一是基层政府由指令型政府向服务型政府转换；二是农民由传统的顺从型农民向参与型公民转换。同时，应本着平等与互惠的原则，在基层政府与农民之间建立制度性联系。