作为生命的物质基础之一，蛋白质在催化生命体内各种反应进行、调节代谢、抵御病原微生物的入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用。随着后基因组时代的来临，蛋白质组学已成为国际的主攻领域，是生命科学最重要的研究领域之一。对蛋白质组成的分析鉴定是蛋白质组学中的主要内容，它要求对蛋白质组进行表征，即所有蛋白质的分离与鉴定及其图谱化。同时，质谱技术的飞速发展使得MS／MS成为蛋白质组学的核心技术，特别是对于蛋白质复合物的鉴定、蛋白质互联网的解析等方面也有着重大的应用。目前，已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于蛋白质组学研究中。然而，它们仍存在着显著的多肽鉴定误差率，因此发展算法以提高多肽鉴定的准确性仍是目前蛋白质组信息学研究的热点。 因此，首先本文针对蛋白质的多组分体系，对投影图旋转分析法进行了改进，扩展其应用范围；其次，对于蛋白质的LC-MS／MS串联质谱数据，本文结合色谱方向上的保留时间信息，提出了一种结合保留时间信息的串联质谱数据的预处理解析策略，并使用该数据预处理解析策略处理实验测得的数据，从而获得较高的氨基酸序列覆盖率，提高了蛋白质的检索得分。 本文主要分为三个部分： 第一部分为投影图旋转分析法在蛋白质LC-MS体系中应用。这一部分阐述了投影图旋转分析的基本原理及算法，同时针对蛋白质多组分分析体系，我们利用超平面的概念对此算法进行了进一步的改进，并对三组分实验体系和五组分实验体系进行了分析与讨论。 第二部分为串联质谱数据的解析与研究。探讨了蛋白质搜索与鉴定的几种影响因素，提出了一种结合保留时间信息的串联质谱数据的预处理解析策略，即依次采用数据组合、数据滤波、数据补充对串联质谱进行解析。 第三部分为蛋白质串联质谱数据的实例分析。主要是利用前面提出的数据预处理解析策略，对实验测得的蛋白质串联质谱进行分析与比较，提高了蛋白质的检索得分，获得到了比较令人满意的结果。