随着中国改革开放的深化和中国经济社会发展逐步步入新常态,促使企业作为市场决策、研究投入、技术组织和成果运用的重要市场主体,是国家转型升级的迫切要求,是实施创新驱动发展战略的关键。目前,以我国省部级研究重点试验室等不同研究载体为依托,促进构建高校、研发部门与发展中国家间共同科技创新的网络平台,正在完善。但是,中国企业技术创新的主体将如何形成?其主体作用发挥的程度如何?现有研究主要侧重其概念内涵、分析框架与评价体系,对此尚未达成统一的认识。另外,关于企业创新主体地位的质量,尚未被充分的关注和研究。因此,本文从规模视角入手,基于创新价值链分析,研究企业的创新主体地位评价指标体系和评价方法。通过区分不同所有制企业,评估不同所有权性质企业的创新主体地位。在此基础上,基于创新效率视角,采用DEA-BCC模型和DEA-Malmquist指数,从静态和动态两个方面,研究不同所有权性质企业的创新主体地位质量,并进一步分析科技创新效率的提升路径,探讨科技要素的优化配置。以上海为例的实证结果表明,从规模视角,上海企业在研发投入端的主体地位相对明显,但呈不断弱化趋势。在以发明专利、科技论文为主的产出端,企业创新主体地位尚不明显。从创新效率角度,上海外资企业在单一年度的创新效率表现最优,是三类不同所有制企业中的标杆基准。从连续年度的动态变化来看,仅内资企业保持着科技创新全要素生产率的年均微幅增长,而外资和港澳台商投资企业全要素生产率的年均下滑,造成企业整体创新效率起伏和下滑。根据研究结果,建议上海推动内资企业加强科技资源配置,鼓励港澳台商投资企业加大科技资源投入力度,并提高创新效率,同时引导外资公司通过建立亚太总部、全球总部和全球研发中心,进一步发挥全球性资源配置功能。此外,建议进一步挖掘港澳台商投资企业和内资企业的科技成果,培育此类企业的专业化技术转移能力,并通过激励政策,引导外资研发中心将研发成果在本地转化应用。