随着市场化贸易的不断推进,我国农产品市场供求出现大幅波动,小农户在大市场下的劣势不断显现出来。在此背景下,农民专业合作社应运而生。作为农业领域重要的组织形式,它完善了我国农村经营体制。对于这一新型经营主体,国家也通过政策和法律给予了大力支持。乐山作为四川重要农产品生产加工基地,其专业合作社发展迅速,为促进地区农业经济发展做出巨大贡献。此外,乐山市利用区域农业资源优势,大力发展特色农业,形成了以茶叶、中药材、茉莉花种植等为主的特色优势农业。在峨眉、犍为、沐川等区县,以生产特色农产品为主的农民专业合作社也获得了蓬勃发展,它对特色农业高效产业化发展有促进作用。研究乐山特色农业专业合作社规模效率情况,对推动其发展及特色农业产业化进程有重要意义。本文在对相关研究动态及理论进行回顾,并结合乐山农业发展现状的基础上,对其特色农业专业合作社规模效率及影响因素进行了实证研究。(1)分别运用DEA和Bootstrap DEA测算并分析了2013年46家分产品类型下的乐山特色农业专业合作社规模效率。(2)在规模效率测算基础上,通过提出研究假设并建立Tobit模型,实证分析了总体及分产品类型下的乐山特色农业专业合作社规模效率影响因素。通过以上分析,研究表明：(1)乐山特色农业专业合作社的规模效率总体水平较低,其平均值为0.6089；不同产品类型专业合作社规模效率差距较大,中药材类专业合作社规模效率最高,但内部差距较大,水果蔬菜类和茶叶花卉类规模效率低但内部差距小。(2)资产规模、财务杠杆及企业家才能对专业合作社总体规模效率产生正向影响,其中财务杠杆和企业家才能的影响较大；不同类型的专业合作社效率影响因素不同,并且同一影响因素对不同专业合作社的影响程度也不同。基于以上结论,本文提出了相应建议：(1)政府应对专业合作社进行规范管理；在扶持政策上予以进一步完善；大力开展专业合作社经营管理者能力培训,在提升技能同时提供交流平台。(2)专业合作社应加强自身资产规模管理和财务管理；在立足于自身实际情况基础上有针对性的进行经营活动；完善利益分配机制,积极引进和推广新技术,参与到市场竞争中去。(3)专业合作社负责人要提升自身管理能力,具备较强宏观意识和应变能力,加强责任感、合作精神和号召能力。