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本试验以四川农业大学保存的西瓜种质资源为材料(共26个材料)。通过田间、室内的调查进行西瓜的生物学性状的统计分析；采用改良CTAB法对西瓜属基因组DNA进行提取；对西瓜的RAPD反应体系进行了优化；筛选适用于本试验的随机引物;计算材料间的遗传距离并对材料进行聚类分析.结果如下：1、通过田间和室内对26个西瓜材料的生物学性状进行观察统计。结果表明这些材料在倒蔓期、开花期、坐果节位、结果数、果型,果重、果皮硬度、果皮颜色、果肉色、果皮厚、皮肉界限、种子大小多少颜色、TSS等方面均存在一定的差异。2、本研究使用的改良cTAB法和SDS法分别对26个西瓜材料进行了基因组DNA的提取,经分析表明,改良后的cTAB法更适用于西瓜属基因组DNA的提取,提取的DNAOD260/OD280比值在1.83-2.11之间,这说明所提取的DNA的质量较高,能够用于RAPD的分析。3、采用正交试验设计的方法,建立了西瓜RAPD分析的优化反应体系。所得最优体系为：每25μL反应体系中含引物0.4μmol/L、Mg2+ 1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶2.5U、dNTPs250μmol/L、1×Buffer、模板DNA1Ong/μl；适宜扩增条件为预变性94℃,时间5min；变性94℃,时间30s；退火37℃,时间1min；延伸72℃,时间1min；循环次数35圈,72℃保温7min,4℃保存。4、从60个随机引物中筛选出3个,用这3个引物对26份西瓜材料的DNA样品进行扩增,共扩增出了56条,平均每个引物18.67条,其中51条具有多态性,占总条带数的91.07%,平均为每个引物17条多态性带。5、利用计算机软件DPS软件统计RAPD数据,Genetic Distance法计算材料间遗传距离。得出所研究的26个材料遗传距离介于0.1628-0.5694之间；用UPGMA进行聚类,当相似系数为0.31时,可以将26份材料分为8大类群：1个华北生态地理型,1个华东生态地理型,1个日本生态地理型,1个西北生态地理型,1个美国生态型,1个华南生态型,2个中间类型。