新能源汽车可以作为燃油车的替代品,在减少有害气体排放、节约不可再生能源以及保护环境等方面具有传统燃油汽车不可比拟的优势,因而受到广泛的关注。我国一直支持新能源汽车的发展。新能源汽车企业具有知识技术密集型、技术门槛较高和技术迭代快的特征,自主创新是新能源汽车企业获得产品、市场和技术上的竞争优势的关键之一。企业之间产品和技术竞争激烈,对产品的技术要求比较高,需要进行大量的研发创新。从“十五”期间,我国开始将新能源汽车列为“863计划”中的重大课题,对新能源汽车项目投入一系列补贴,“十三五”将它作为战略性新兴产业重点扶持。为了考察新能源汽车企业的创新效率,并探究补贴的作用,本文选取了 2016—2019年新能源汽车整车制造上市企业投入产出数据,从技术研发和成果转化着手,采用共享投入两阶段DEA模型测算新能源汽车企业整体和两阶段的效率。首先,从总体上分析企业的综合效率、纯技术效率和规模效率。其次,从两阶段角度分析了技术研发和成果转化效率。除此之外,还从时间趋势角度、从乘用车制造类和客车制造类不同类型的角度以及不同企业性质角度分别对创新效率进行了分析。进一步地,本文采用测度的创新效率来分析影响因素。基于企业的面板数据,本文运用混合回归、固定效应模型分析不同影响因素对创新效率的影响程度,再运用面板门槛模型分析政府补贴的门槛效应,探究不同的政府补贴强度是否会产生不同的影响。我们的研究结果表明:（1）新能源汽车企业从整体上来看创新效率偏低,大部分企业的创新效率处在中等水平上,创新资源没有达到有效配置。整体上来看,综合效率和纯技术效率随年份呈现出上升的趋势。（2）两阶段效率总体上都不高,而技术研发效率要低于成果转化效率。一方面企业的研发创新能力还需要进一步提高,另一方面,新能源汽车企业要找寻创新成果向经济效益转化的有效途径。（3）虽然新能源汽车企业的规模没有达到有效,但整体上规模效率在一个较高水平,规模发展良好,而相比规模效率,纯技术效率偏低,限制了整体效率的提升。（4）新能源客车制造类企业整体效率、纯技术效率以及两阶段效率都要低于新能源乘用车制造类企业。新能源客车企业低了新能源汽车产业的整体效率。（5）新能源汽车国有企业的综合效率、纯技术效率以及分阶段的效率均低于民营企业。固定效应模型和面板门槛模型的分析结果显示:（1）新能源汽车企业创新效率与研发投入强度、研发人员强度、企业规模、盈利能力、企业年龄、经济发展水平的关系为正,与营运能力和偿债能力的关系为负。（2）政府补贴具有明显的门槛效应,随着政府补贴强度的变化,对创新效率的作用也发生了改变。在低补贴强度时,补贴能较大地激励创新效率的提升,但随补贴强度增加,超过补贴强度门槛值后,这一激励效果转小。本文根据分析结果提出以下几点建议。第一,新能源汽车企业要改善技术研发效率,优化资源配置,制定符合自身的技术创新战略,产出具有独特优势的专利产品,突破新能源汽车技术屏障。提升成果转化效率,减少与市场脱节的创新成果产出,重视市场需求,努力完善成果转化平台,找到成果转化的突破点。借鉴先进经验提高技术、管理水平。第二,依托于专业有效的产学研平台,实现满足市场需求的技术难题的快速革新,促进技术研发和创新成果转化。打造企业、高校和消费者之间的综合性平台,促进信息流通和资源共享。第三,健全专利保护制度,激励创新成果如专利等的产出,从而提高技术研发效率。第四,完善政府补贴政策和加强监督管理,政府补贴的重点可以放在高端技术的补贴上。但根据门槛模型分析结果,应该控制补贴在适当区间内,对低补贴强度的企业增加补贴,高强度企业则与此相反。太高的补贴强度会减少企业自主创新从而降低创新效率。