本文在综合利用水资源学、计量经济学、福利经济学、模糊数学、管理学、博弈论、灰色系统等理论的基础上，基于农村水利补偿理论的分析和理解，借助对国外农村水利现状及补偿现状的分析，研究了我国农村水利补偿机制问题，这对指导我国农村水利补偿制度的完善，具有重要的理论意义和现实指导意义。 本文首先从福利经济学的角度对农村水利补偿进行了解析，探讨了农村水利补偿中主体间的利益冲突及帕累托优化问题，对农村水利补偿实质及补偿对象进行了界定，并从多个角度对农村水利补偿的必要性和可行性进行了论述。其次，用灰关联方法研究了农村水利投入与产出的关联度大小，从投入、产出角度建立了农村水利补偿的宏观总体模型和五个子模型，并对国民经济子模型、生态用水子模型、农业用水子模型、工业用水子模型和水资源子模型进行了系统的分析，解析了各系统之间的作用机理和相关关系，分析了单位农村水利投入给各系统带来的产出效益。第三，在遵循农村水利补偿标准的建立原则和条件的前提下，建立了水资源价值评估的模糊AHP评价模型，测算了农业被挤占的用水量，从而建立了农村水利补偿标准模型，并以广州农村水利补偿为例进行了实证分析。第四，从农村水利补偿基金建立的必要性和可行性入手，探讨了农村水利补偿基金的筹集方式、基金的使用范围、基金的管理模式等问题，提出了很多可行的建议。同时，为响应经济的快速增长和资本市场的逐步完善，遵循“谁收益、谁补偿、谁管理、谁负责”的原则，对农村水利补偿及基金提出了一些改革建议，从而促进农村水利补偿的可持续性。