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本实验中是在前期拼接获得12847bp的山羊Agou打基因序列(EF587236和JN651404),和对其进行启动子活性区域预测所确定的候选启动子区为6450-7100bp,并预测7100bp处是山羊Agouti基因的转录起始位点的基础上,对山羊Agouti基因启动子活性区域进行进一步的试验验证。
在转录起始位点上游2kb左右的区域利用PrimerPremier5.0软件设计引物,得到了一个长度为2537bp的DNA片段,其中1283-1935bp为前期启动子预测区域,在该区域中发现了一个典型转录因子结合位点TATA框,一个Oct-1为八碱基区的转录因子结合位点,并预测到HSF、SYR、GATA-1、Nkx-2、ADR1等多个转录因子结合位点;1895-2533bp与人的Agouti基因的启动子有较高的相似性(相似性为75%),预测到GATA-X、GATA-3和GATA-1等转录因子结合位点,GATA基序普遍存在于转录起始部位的上游、启动子或其临近部位。
根据转录因子结合位点的分布情况和引物设计合理性原则,将所得到的2537bp的序列为最长的克隆片段,其他片段利用PrimerPremier5.0软件设计分别设计不同长度的缺失片段,并构建10个荧光素酶报告基因质粒如下:(以片段的起止位置进行质粒的命名):pGL3-Basic(1-2537)、pGL3-Basic(462-1964)、pGL3-Basic(462-1817)、pGL3-Basic(819-1817)、pGL3-Basic(819-1585)、pGL3-Basic(819-1402)、pGL3-Basie(819-1248)、pGL3-Basic(1846-2537)、pGL3-Basic(1869-1981)、pGL3-Basic(2128-2291)。
用绿色荧光蛋白质粒(GFP)及pGL3-Control质粒和pRL-TK质粒探索得到两种细胞的最佳转染体系:A375细胞脂质体与质粒总量的比例为1∶1,待检测或对照质粒与pRL-TK的比例为100∶1;293T细胞脂质体与质粒总量的比例为1∶1,待检测或对照质粒与pRL-TK的比例为800∶1。
根据所得到的最佳转染体系,分别对A375细胞及293T细胞利用所构建的质粒进行双荧光素酶报告基因的瞬时转染,结果用SPSS17.0软件进行分析,结果表明:A375细胞的转染数值普遍高于293T细胞,即可证明A375细胞的转染效率高于293T细胞;所构建的含有缺失片段的质粒与阴性对照相比不存在显著性差异,说明所获得的2537bp的位于转录起始位点的DNA片段中不含有启动子活性区域。
在后续的山羊Agouti启动子的研究中,我们可以继续以绵羊Agouti基因(EU185099)进行引物设计扩增山羊Agouti基因5端序列,分析其中存在的不同剪切体,最终确定该基因转录起始位点的位置,再在此基础上进行启动子活性区域的研究。