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蜱是一种专性吸血的体表寄生虫,可以传播包括病毒以及细菌、螺旋体和立克次体等多种病原体,已发现的蜱传病毒多达80多种,近年来,蜱传疾病的增多,对公共卫生健康产生巨大威胁,严重危害人类健康和畜牧业发展。本研究采用布旗法、动物体表摘取法于2018-2019年在黑龙江省佳木斯市、鹤岗市和伊春市,吉林省的长春市和蛟河市共9个采集点采集到蜱2 402只,经形态学及16S r RNA鉴定采集到蜱分属于硬蜱科革蜱属、血蜱属和硬蜱属:森林革蜱60.3%(1 449/2 402)、日本血蜱14.1%(339/2 402)、嗜群血蜱8.0%(192/2 402)和全沟硬蜱17.6%(422/2 402),森林革蜱为此次采样的优势蜱种。建立蜱传病毒宏基因组样品提取方法,对蜱传病毒进行宏基因组学研究,结果显示共有3866 032条reads注释到脊椎动物病毒,分属于15个病毒科:反转录病毒科(Retroviridae)、双生病毒科(Geminiviridae)、呼肠孤病毒科(Reoviridae)、小双节病毒科(Picobirnaviridae)、内源病毒科(Endornaviridae)、腺病毒科(Adenoviridae)、圆环病毒科(Circoviridae)、细小病毒科(Parvoviridae)、黄病毒科(Flaviviridae)、内罗病毒科(Nairoviridae)、布尼亚病毒科(Peribunyaviridae)、白纤病毒科(Phenuiviridae)、小RNA病毒科(Picornaviridae)、弹状病毒科(Rhabdoviridae)和未分类的病毒科,植物病毒科为分体病毒科(Partitiviridae)、黄症病毒科(Luteoviridae)。根据宏病毒组学结果,建立RT-PCR、PCR方法对发现的蜱传病毒进行检测与验证,通过高通量测序、传统测序相结合的方法对11种病毒进行基因序列扩增与系统发生分析。结果显示:在黑龙江、吉林两省采集的蜱中发现11种病毒,其中RNA病毒9种:分别为阿龙山病毒(Alongshan virus,ALSV)、恩格耶病毒(Ngoye virus,NGOV)、蜱传脑炎病毒(Tick-borne encephalitis virus,TBEV)、北极内罗病毒(Beiji nairovirus,BJNV)、Pustyn病毒(Pustyn Virus,PV)、黑龙江蜱病毒(Heilongjiang Tick Virus 1,HLJTV 1)、吉林蜱病毒(Jilin Tick Virus,JLTV)、吉林黄症病毒(Jilin Luteovirus 2、JLLV2)和吉林分体病毒(Jilin partiti-like virus 1,JLPV 1);DNA病毒2种:分别为牛细小病毒2型(Bovine parvovirus-2,BPV2)和蜱圆环病毒(Tick circovirus,TCV)。本研究选择3种对人类、动物健康具有威胁的黄病毒进行了分子流行病学研究,首次在中国吉林省日本蜱中发现NGOV核酸证据,并成功获得NS5基因916 nt,与参考基因组的核苷酸同源性为78.82%-68.79%,氨基酸同源性为77.42%-58.22%,遗传进化分析结果显示本研究获得的Jiutai V-JL毒株与塞内加尔NGOV株毒株形成了一个独立的分支,这也证实了Jiutai V-JL确实为黄病毒属的成员,它与其他蜱传虫媒病毒亲缘关系较近(蜱传脑炎病毒,跳跃病病毒);与蚊传虫媒病毒亲缘关系较远。这是目前在中国发现的与Ngoye virus亲缘关系最近的病毒序列,这也表明了新型黄病毒属病毒在国内的存在。在黑龙江伊春的全沟硬蜱中检测到ALSV NS3-Like基因片段1 531 nt,与参考基因核苷酸同源性为93.08%-90.20%,氨基酸同源性为99.21%-98.43%,遗传进化分析结果显示本研究获得的两个ALSV毒株形成了一个独立的进化分支,与黑龙江的毒株ALSV H3聚集在一起,亲缘关系较近,与其他的黄病毒亲缘关系较远。在吉林省蛟河市扩增到TBEV全基因组,与流行株、疫苗株的核苷酸同源性为95.53%-93.86%,氨基酸同源性为99.15%-94.96%,氨基酸变异多集中在非结构蛋白NS5上,遗传进化分析显示本研究中的毒株与蜱传脑炎远东亚型流行毒株处于同一进化分支,亲缘关系较近;该毒株在远东亚型进化分支内部形成了一个独立的分支。本研究对黑龙江、吉林省部分地区的蜱及蜱传病毒进行了流行病学、分子流行病学研究,发现了一种新型黄病毒,明确了该地区蜱传病毒种类的多样性及其分子遗传进化特点,为该地区蜱传病毒预防控制措施的制定提供了科学数据,为新型蜱传病毒的出现提出预警,具有重要的社会意义和公共卫生学意义。