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采用多重PCR和DNA测序技术检测116只甘肃高山细毛羊13个微卫星座位多态性，结合记录开展亲子鉴定，以期为甘肃高山细毛羊种质资源评价和亲子鉴定研究提供合理有效的微卫星座位；采用PCR-SSCP方法分析甘肃高山细毛羊DRB1基因第3外显子多态性，并对不同等位基因测序，分析甘肃高山细毛羊的等位基因数、核苷酸多态位点、变异类型、各等位基因间的遗传关系。结果表明，(1)甘肃高山细毛羊遗传多样性较丰富；甘肃高山细毛羊13个微卫星座位共检测到111个等位基因，在DRB1-INTRO2座位检测到的等位基因数最多(14个)，SRCRCP5座位最少(5个)。ILSTS011座位观察杂合度最高(Ho=0.888)，MAF214座位最低(Ho=0.500)，3个微卫星座位平均观察杂合度为0.743，期望杂合度为0.727，平均多态信息含量为0.689。13个微卫星座位累计父权排除概率达到0.99994，11个具有高度多态的座位(除MAF214、OARJMP29外)累计父权排除率达到0.99985，12个座位达到0.99991，其中MAF214座位(中度多态)对累计排除率的影响最小，DRB1-INTRO2座位(高度多态)对累计排除率的影响较大，对亲子鉴定的贡献最大。(2)甘肃高山细毛羊DRB1基因第3外显子共检测到6个等位基因，对其单倍型序列分析发现了11个核苷酸多态位点；其中除等位基因*A外其他5个DRB1的等位基因在甘肃高山细毛羊首次发现。6个DRB1第3外显子的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势，表明甘肃高山细毛羊DRB1基因最初可能是由两类主要的单倍型演化而来。甘肃高山细毛羊群体在检测区域处于非平衡状态。