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金背鲤是贵州省地方性土著稻田鲤鱼,为了了解贵州省稻田金背鲤种质资源特点与遗传多样性现状,本研究采用现代框架形态学方法,结合主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）、多元置换方差分析（Permutational Multivariate Analysis of Variance,PERMANOVA）和相似性百分比分析（Similarity Percentage Analysis,SIMPER）比较贵州省黄平县、黎平县、从江县、都匀市和锦屏县5个稻田养殖金背鲤形态学差异;采用常规营养分析及生化方法,对稻田养殖金背鲤肌肉和鳞片中的常规营养成分、氨基酸、脂肪酸、矿质元素含量进行了检测;采用2b-RAD技术对贵州省黎平县、锦屏县、黄平县、从江县和都匀市的5个金背鲤群体进行高通量测序;采用线粒体DNA D-loop基因和Cyt b基因测序分析方法,进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示:PCA主成分分析结果显示,在5个群体间黎平群体的置信椭圆最大,都匀群体的置信椭圆最为紧密。黎平群体的置信椭圆包含了其余四个群体的置信椭圆,锦屏群体的置信椭圆包含了从江、都匀及黄平群体部分置信椭圆,都匀群体和黄平群体的置信椭圆没有出现交集。PERMANOVA从统计学角度证实:从江群体-黎平群体、都匀群体-黎平群体、锦屏群体-黎平群体、黄平群体-黎平群体、锦屏群体-从江群体、锦屏群体-都匀群体达到显著性差异。相似百分比SIMPER分析结果显示,在形态上出现显著差异的群体间,差异贡献率排前5的分别是3-5（胸鳍起点至臀鳍起点）、7-8（臀鳍末端至背鳍鳍棘末端）、1-6（下颚骨最后端至背鳍起点）、5-6（臀鳍起点至背鳍起点）和5-8（臀鳍起点至背鳍鳍棘末端）这5项框架形态学指标。稻田金背鲤鲤肌肉中水分含量为（76.72±0.92）%,粗蛋白质含量为（19.58±0.47）%,粗脂肪含量为（4.57±0.62）%,粗灰分含量为（1.89±0.39）%;金背鲤肌肉中的18种氨基酸总量占干重的（83.91±9.47）%,其中必需氨基酸及非必需氨基酸占比分别为（33.79±3.90）%、（50.12±5.57）%;金背鲤肌肉中检测到27种脂肪酸,其中饱和脂肪酸、单不饱和脂肪酸及多不饱和脂肪酸含量百分比分别为（25.80±1.73）%、（54.17±4.83）%和（20.15±3.85）%;肌肉中K、Mg元素含量较高,分别为8.44±1.02 g/Kg,0.62±0.01 g/Kg,微量元素中Se元素含量为1.01±0.43 mg/Kg。金背鲤鱼鳞中水分为（6.61±0.25）%,粗蛋白含量为（75.82±1.09）%,灰分含量为（20.19±0.0057）%,粗脂肪含量为（1.79±0.32）%;所测鱼鳞中的20种氨基酸总量占干重的（50.78±4.64）%,必需氨基酸含量占总氨基酸的20.82%;非必需氨基酸占总氨基酸的79.19%,4种鲜味氨基酸的含量为25.99%;在鱼鳞中共检测到12种脂肪酸,饱和脂肪酸占总28.13%;不饱和脂肪酸占71.60%;单不饱和脂肪酸占37.23%;多不饱和脂肪酸占33.68%;矿质元素中钙、磷、锌、锰、硒、含量较高,分别（59.67±11.35）g/kg、（30.13±4.80）g/kg、（92.13±9.36）mg/kg、（26.53±4.24）mg/kg和（0.91±0.28）mg/kg。基于基因组测序获得44896个SNP位点,5个群体遗传多样性指标均显示低度多样性;NJ系统树显示,除从江、黎平群体混杂在一起,其余三个群体整体聚类为一枝;K值Cross Validation Error盒形图与pong聚类图显示,当K=1时,交叉验证错误率最低;主成分分析（PCA）显示,都匀群体单独聚在一起,其余四个群体混聚在一起;D-loop区共界定了21种单倍型,5个地理种群整体单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.672和0.00533。Cyt b基因共界定了28种单倍型,5个地理种群整体单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.805和0.00413。单倍型邻近系统树与单倍型网络图显示,金背鲤5个群体间没有形成明显的谱系结构和地理结构。AMOVA分析结果显示,基于D-loop和Cyt b基因,遗传变异系数Fst分别为0.06871和0.13447,群体间变异分别占6.87%和13.45%,群体内变异分别占93.13%和86.55%。基因流Nm值显示,除黄平与黎平群体基因流Nm值无限大（Inf）,锦屏、从江群体与黄平群体Nm＞1外,其余种群间均Nm＜1。5个地理种群中性检验结果均未出现显著负值,核苷酸错配图显示双峰或多峰。结果表明:黎平群体种群内部和与其余4个种群间形态学差异最大,各金背鲤群体间差异主要几种在后躯干部和尾部之间;稻田金背鲤肌肉中氨基酸种类齐全,必需氨基酸含量占氨基酸总量比例高,脂肪酸中单不饱和脂肪酸占总脂肪酸比例高,矿质元素中K、Mg元素含量高,Ca元素含量较低,Se元素含量达到食物的富硒标准（0.02～0.20 mg/100g）;金背鲤鱼鳞具有高蛋白、多灰分、微量脂质的一般鳞片的特点,又具有稻田鱼鳞片灰分更高,即矿质元素含量更多的特点;金背鲤鳞片中钙磷比高,锌、锰、硒含量高;贵州省5个金背鲤群体遗传多样性均偏低,都匀群体遗传分化程度最显著,可将都匀群体与其余四个群体划分成2个类群。