当前，我国处于全面深化改革的关键时期，激发社会组织活力，改进治理方式，推动文化发展繁荣是新时期的时代要求。社科类社会组织具有鲜明的意识形态属性和学科优势，在我国政治、经济和社会建设中发挥着重要作用，构成“智囊团”，推动“智库”发展。然而，在推进政府职能转变，如“政社分开”、“小政府、大社会”的变革过程中，社科类社会组织存在的一些弊端和缺陷也逐渐凸显，如党建工作不足、组织待遇差等。因此，为了充分发挥社科类社会组织的功能和作用，其治理研究势在必行，是在社会领域全面深化改革、培育新的社会生态、重建执政党社会基础的重大战略工程。　　本文以嵌入性治理理论为研究视角，探索适应于社科类社会组织中政社关系互动中的嵌入式治理机制，引用制度合法性嵌入、组织资源性嵌入、项目互惠性嵌入、文化认知性嵌入四个核心要素，构建理论分析框架，运用实地调查和访谈的方法，分析了我国社科类社会组织治理的基本情况，并以大连地区社科组织为样本，分析其发展规模、管理途径及评估机制；以四象限分类分析大连市社科类社会组织案例，并结合嵌入性理论框架，探析社科类社会组织发展中存在的如制度嵌入不足等问题及成因；最后，针对社科类社会组织治理的复杂性和特殊性，从宏观、中观、微观三个维度构建了社科组织可供分享的多层次治理模型，既从行为机制上进行创新，又在行为规则上进行规范，分类提出治理社科类社会团体、基金会、民办社科研究机构的建议，探析现代化社科类社会组织治理方案，培育能够有效承接政府转移职能的社科组织，推动我国行政体制改革向纵深方向发展。