农民专业合作社是我国农村市场化改革的产物,是农业组织制度的创新,这种创新的动力和目标是利益主体通过合作能够增加自身利益。因此,农民专业合作社发展的关键是建立健全合理的利益联结和利益分配机制,与社员结成“利益共享、风险共担”的经济共同体。只有通过利益联结和利益驱动,才能增加农民专业合作社发展的动力,促进农民专业合作社的持续有效的发展,最终促进农民增加收入。本文以陕西省为主要例证对象,以新制度经济学理论、合作经济理论、收入分配理论和现代企业管理理论等相关理论为基础,通过座谈、问卷调查及统计和计量分析的方法,宏观角度对于现阶段我国农民专业合作社利益机制的现状、存在的问题及其影响因素进行了理论和实证研究,从微观角度揭示了合作社与社员、理事长之间的利益关系。本文首先通过对陕西省52个农民专业合作社的调查问卷和访谈信息,实证分析了我国农民专业合作社的发展状况、绩效和运行机制,并从产权安排角度和治理结构角度分析了农民专业合作社利益机制的影响因素;其次从微观角度,在对112位社员问卷调查的基础上,分析了合作社与社员的利益联结和利益分配机制,社员的利益需求及满足程度,并通过理论和实证分析合作社对于社员利益的影响;再次从微观角度分析了农民专业合作社理事长的利益需求及满足程度,激励的必要性及现状,提出了确定理事长薪酬的方法。根据以上研究,针对结论并结合《农民专业合作社法》的实施,提出了合作社应采取综合措施,既要加强合作社自身的制度建设和业务经营,又需从根本上提高合作社理事长和农民的合作意识和对合作的正确认识,同时,强调政府应为合作社的发展创造良好的外部环境。