【摘 要】
：
复杂疾病的全基因组基因-基因扫描可以有效发现多个基因的相互作用对疾病易感性的贡献。但是这种扫描的计算量通常非常巨大,限制了它的实际应用。现代图形处理器(GPU,显卡)已
论文部分内容阅读
复杂疾病的全基因组基因-基因扫描可以有效发现多个基因的相互作用对疾病易感性的贡献。但是这种扫描的计算量通常非常巨大,限制了它的实际应用。现代图形处理器(GPU,显卡)已具有非常强大的并行计算能力,同时价格低廉。因此,在这项研究中我们使用了基于GPU的算法,即SHEsisEpi。它仅与多个位点在全基因组中的易感性相关,而不受单个位点的关联分析结果(即边际函数)影响。我们分析了WTCCC数据库提供的双向情感障碍(bipolar disorder, BPD)数据,仅耗时27小时就完成了全基因组一共500K个SNP的扫描,比传统的CPU程序快将近300倍。然后,我们通过对扫描结果进行筛选(p=5.37×10-12),对p值最小并且符合条件的SNP组合,用独立的样本进行重复实验(475个BPD病例,480个对照组,汉族人群),证明两对基因组合与BPD的易感性相关( a=0.05 )。可执行文件和源代码可从SHEsis主页进行下载(http://analysis.bio-x.cn)。
其他文献
为了解决数据出现指数式增长所导致的海量数据与传统数据挖掘系统计算能力有限的矛盾日益尖锐这个问题,提出了一种将云计算技术和数据挖掘有机结合的解决方案。通过采用Map/R
近年来,我国机动车保有量迅速增加,机动车尾气污染对城市环境的影响越来越严重。定量计算机动车尾气污染物的排放量,分析机动车尾气排放的空间分布、研究尾气排放与道路车流
一、品种及种球选择唐菖蒲是世界上重要鲜切花之一,品种繁多,特性各异,有的适宜春季栽培,有的适宜夏季栽培,有的适宜秋冬栽培。随着栽培季节不同,应选择相应的品种,这在生产
目的:研究印尼姜黄对刀豆蛋白A（Con A）诱导的小鼠肝损伤的保护作用,并探究其可能机制。方法:SPF级小鼠随机分为正常组、模型组、联苯双酯阳性药组及印尼姜黄高、中、低剂量组。
<正>出版社:华夏出版社简介:本书告诉我们:世界最庞大产业的历史、金钱和政治。石油不仅仅是黑色的……它影响着我们人类生活和工业发展的各个屡面。事实上,石油给所有东西都
英语报刊消息是各种文本的集合，具有典型的互文特征，从互文视角探讨该噗语篇的翻译是必要的。英语报刊消息中的具体互文主要有四种形式：转述言语、陈词滥调、暗引、戏拟。
设计了一种基于智能摄像机的分布式并行处理的高速视觉系统，并应用该系统跟踪快速运动的乒乓球；同时提出了一套针对灰度图像的快速、有效的乒乓球识别跟踪算法．该算法能够在变化
<正>全新AttuneTM咨询服务助力北京新地标实现绿色梦想霍尼韦尔(纽约证券交易所代码:HON)日前正式与SOHO中国就望京SOHO项目签订了价值830万美金的合作协议。霍尼韦尔将为望
阳产村隶属于安徽歙县深渡镇，是中国第二批传统村落，皖南地区鲜有的土楼特色的村落。村落处在千岛湖黄金旅游线上，距离深渡镇6公里，临近新安江，空气湿润，区域内物产丰富，盛产高山茶
袁枚是一位思想学术批评家，以理学、汉学与佛教为主要批判对象。于理学重在批评其“道统”之说与禁欲思想，但对其理论不乏客观评价。于佛教则批评其“绝欲”的虚伪与戒律的荒谬