论文通过对综合运输体系的构成及其优势和理论演进等方面的系统分析，参考了发达国家综合运输体系的现状、特点和成功经验，从我国五种运输方式的特点、管理体制的沿革与现状，及在综合运输体系中的地位作用分析入手，认为我国目前各种运输方式分部门的管理体制是制约建立综合运输体系的最主要问题之一，并提出建立和完善我国综合运输体系的迫切性。 在社会主义市场经济体制框架基本建立，特别是在加入世界贸易组织后交通运输市场全面开放的形势下，为建立和完善我国综合运输体系形成了良好的发展环境。政府交通运输主管部门必须积极转变职能。由此，论文围绕建立和完善综合运输体系提出了我国政府交通主管部门机构改革的总体目标，结束按照不同运输方式分部门管理的状况，组建中央政府层面的交通运输部，发挥不同运输方式的优势，实现我国交通运输业的持续、健康发展。