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灵芝在我国已有悠久的应用历史,可用于多种疾病的治疗。近年来,灵芝的栽培生产得到迅速发展,灵芝的种质资源也在不断扩大,但是我国的灵芝生产用菌种非常混乱,存在同种异名、同名异种的现象,使得灵芝的基础科研与相关产业的发展面临许多困难。本研究的目的是寻找灵芝属菌株的特异性分子标记,建立灵芝属菌株快速、有效的检测与鉴定方法,为灵芝菌种的鉴定提供一种新的、快速准确而且费用较低的鉴定方法,为我国保护灵芝菌种的知识产权提供有效检测手段及技术标准。本实验以152株灵芝属菌株(包括128株来自中国的栽培菌株及24株国外菌株)为材料,根据本实验室已完成的ERIC-PCR亲缘聚类分析结果,把相似度水平在0.850以上的菌株构成一个DNA池,共建成48个DNA池。用SRAP引物对48个DNA池进行扩增,筛选获得1个SRAP特异性标记;用ISSR引物对48个DNA池进行扩增,筛选获得3个ISSR特异性标记。回收这些特异性条带,经克隆测序后设计了4对SCAR引物,分别为C4A/C4S,C38A/C38S,C39A/C39S,C45A/C45S(C39A/S是通过SRAP获得,另外三个是通过ISSR获得)。通过SCAR-PCR扩增验证,将SRAP标记和ISSR标记均成功的转化为特异性和稳定性更好的SCAR标记。将得到的4个SCAR标记在构成DNA池的152个菌株上验证。为了保证验证的准确性,每次都以特异性菌株为阳性对照,扩增结果显示从C4,C38,C39和C45中获得的特异性SCAR标记在实验所用的所有菌株中扩增都是只对应一个菌株,分别是G0014,G0121,G0142和G0126。说明这四个标记都是针对单一菌株的特异性分子标记。实验结果证实了SCAR特异标记在菌株快速检测鉴定中的可行性和可靠性。在筛选到的4个SCAR标记中,因有两个标记C4(777bp)和C38(774bp)片段大小只相差3bp,在琼脂糖电泳中不能区分,因此我们用筛选到的4个SCAR标记建立了两个多重PCR体系,实现了在同一个反应管内同时可检测和鉴定3个菌株的方法,该体系的建立在实际操作中可大大节省检测时间,同时还可以大大降低实验成本。