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本研究主要根据从2005年1月开始投放人工鱼礁至当年11月在嵊泗人工鱼礁海区进行的环境、资源和生态调查资料，首次应用Ecopath withEcosim(EwE)软件，构建嵊泗人工鱼礁海区生态系统初步能量流动模型并做简单分析，建立了嵊泗人工鱼礁海区生态系统的能量流动模型，评估了海区的生态系统稳定性，进行了渔业发展与环境之间的相互影响的定量性分析，为嵊泗人工鱼礁海区生态系统渔业与环境的可持续发展和利用提供了科学的评价标准，同时也为我国和世界人工鱼礁海区生态系统的研究提供了科学的参考依据。主要结果如下：(1)为了更好地对人工鱼礁海区生态系统进行定量性分析。将人工鱼礁海区生态系统分成了13个功能组，每一组都代表在生态系统中具有相似地位的有机体，基本覆盖了嵊泗人工鱼礁海区生态系统能量流动的主要过程。分别是碎屑、浮游植物、小型浮游动物、大型浮游动物、小型软体动物、大型软体动物、小型甲壳类、大型甲壳类、底层鱼类、底栖鱼类、小型中上层鱼类、中上层顶级捕食鱼类。在输入每一个功能组的B，PB，QB或EE的基础上，输入每一功能组的食物组成、净迁移率等相应的参数后，运用Ecoranger对系统进行平衡调试，当系统达到最终平衡并与实际情况相吻合后，输出生态营养流动效率、各功能组的营养级和混合营养影响、不同营养级之间的能流来源与营养流动关系，功能组的死亡率组成以及系统的总体特征。(2)模型分析表明，嵊泗人工鱼礁海区生态系统的能量流动主要以捕食食物链途径为主，各功能组的营养级范围为1.00~4.18。生态网络分析表明，系统的能量流动主要有5级，来自初级生产者的能流效率为13.8％，来自碎屑的转换效率为13.4％，平均能量转换效率为13.6％。嵊泗人工鱼礁海区生态系统高营养层次重要生物资源(大型软体动物、大型甲壳类、底层鱼类、底栖生物食性鱼类、小型中上层鱼类、中上层鱼类食性鱼类)的平均营养级是3.59。(3)系统初级生产力与总呼吸量的比值(P/R)是1.385，系统净生产量是480.889t/km<2>/yr，表明当前嵊泗人工鱼礁海区海洋生态系统处于不稳定状态。礁区建成才一年时间，所起的生态修复作用还不足以对修复当地海洋生态系统起到很明显的效果。同时人工鱼礁的增殖效果已经有所体现，例如大型软体动物和底栖鱼类已经有了正的生物积累量。