面对全球气候逐渐恶化的环境问题,通过限制碳排放、发展低碳经济来缓解全球变暖已经成为应对气候变化的客观需求和全球共识。随着我国经济转型升级以及国家碳交易市场的正式启动,政府和控排企业已成为碳排放权交易市场的主要参与者。然而在供应链系统中,企业的生产经营等活动无法脱离供应链上下游企业而单独存在,若只对控排企业强制实施减排措施,非控排企业有搭便车的现象。除此之外,像汽车等制造业,在其生产与装配环节产生的碳排放量远不及在使用过程中的碳排放量多,如果仅仅关注单个企业的生产活动是不能够有效降低整体碳排放量的。在此背景下,基于碳配额与碳交易政策,本文试图分析碳配额不同分配方式下,不同的减排策略对供应链上下游企业产生的影响。为此,本文将分别建立无碳配额分配、碳配额完全免费分配和部分免费分配三种方式下,由制造商和零售商构成的二级供应链减排决策博弈模型,以制造商的减排水平为决策变量,假设零售商是领导者,采用逆向求解归纳法求出供应链各主体企业的最优减排决策,并通过算例分析对结论进行论证。研究结果表明:无碳配额分配的方式下,零售商应该考虑选择收益共享策略,因为在该策略下,制造商的减排水平、利润和零售商的收益都要优于成本分担策略下的情况。在碳配额完全免费分配和部分免费分配的方式下,零售商应该考虑选择成本分担策略,可以使的制造商和零售商的利润始终高于收益共享策略下的利润。同时得到在两种策略下,制造商的减排水平、制造商的利润和零售商的利润在碳配额完全免费分配的方式下,都小于在碳配额部分免费分配方式下的情况。最后结合结论以及我国的现实情况,为政府、供应链企业和消费者提出相应的建议。