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钙蛋白酶抑制蛋白（Calpastatin,CAST）是一种内源性的、需Ca2+激活的钙蛋白酶抑制剂,可抑制肌肉内蛋白质降解,降低肌细胞生长速度;屠宰后可抑制钙蛋白酶的活性。研究表明,CAST基因的产物显著影响肉的嫩度。心脏脂肪酸结合蛋白（Heart-Fatty Acid Binding Protein,H-FABP）基因的作用是将脂肪酸从细胞膜上运送到脂肪酸氧化和甘油三脂及磷脂的合成位置,H-FABP基因的遗传变异与肌内脂肪（Intramuscular Fat,IMF）含量存在相关性。生肌决定因子（Myogenic Detemination Gene,MyoD）基因不仅可促使静止期的肌卫星细胞向成肌细胞转化,而且能把许多种类型细胞（如成纤维细胞、脂肪细胞等）转化为成肌细胞,并可促进成肌细胞进一步融和、分化为成熟的肌纤维,在成肌过程中起主导作用。本研究利用应用聚合酶链式反应—单链构象多态性（Polymerase Chain Reaction-SingleStrand Conformation Polymorphism,PCR-SSCP）技术和克隆测序方法对巴山黄牛、盘江黄牛、重庆山地黄牛、西杂牛、红杂牛、昭通黄牛的CAST、H-FABP、MyoD1基因多态性和遗传效应进行研究,以期为牛肉品质的分子标记辅助选择提供基础素材。在CAST基因引物C1扩增片段中检测出2种基因型。在引物C2扩增片段中,由148位T→C、第159位C→A和第191位A→G和位于内含子中的第42位T→C和第68-70位的插入片段形成多态,C1为优势基因,六个牛群体中昭通黄牛处于中度多态,其他群体都是低度多态。序列比对发现在第148位点突变使酪氨酸→丝氨酸,第191位A→G引起丙氨酸→苏氨酸,此位点可以作为肉品质的侯选基因进一步研究;引物C3的扩增片段中,由位于外显子第27位G→A、第124-127位点缺失片段和位于内含子第182位G→A、第251位C→G形成多态,在4个地方群体牛中是F1为优势基因,2个杂交群体中是E1为优势基因,这个可能是人工选择引起的差异,六个牛群的PIC都处于中度多态,而且在该位点各个牛群体都处于Hardy-Weinberg平衡。在序列对比中发现在第27位点突变中G→A,使半胱氨酸→丙氨酸。此位点是否可以作为肉品质基因的侯选基因需要进一步研究。对H-FABP基因引物H1扩增片段进行SSCP只发现单一条带,说明没有多态性。在引物H2扩增片段中出现3个等位基因,但只有3种基因型,此位点多态信息含量（PolymorphismInformation Content,PIC）除重庆山地黄牛处于中度多态,其他都是低度多态。在MyoD1基因的引物M1扩增片段中,由位于外显子第49位C→G、第207位A→G形成多态,A3为优势基因,六个群体牛的PIC都是处于中度多态,测序结果和MyoD1基因的参考序列比对,发现第207位的突变使丝氨酸→甘氨酸。此位点是否可以作为肉品质基因的侯选基因需要进一步研究。