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番鸭因其营养丰富药用价值高,一直深受消费者的青睐,经长期驯化,已成为良种肉用鸭。但是番鸭的产蛋性能差,产蛋周期短,尤其是产蛋后期的产蛋率明显下降,因此鉴定与产蛋性状相关的变异位点,通过分子标记辅助选择的方法提高番鸭的产蛋性能具有一定意义。本研究选择FSHR基因作为番鸭产蛋性能的候选基因,扩增FSHR基因的CDS区,分析其在番鸭不同组织中的表达规律,寻找多态位点,并探讨FSHR基因变异与番鸭产蛋性能的关系。本研究通过基因组学、RT-PCR和克隆测序等方法扩增了番鸭的FSHR基因cDNA序列,并且获得了3个不同的选择性剪接体,根据长度大小分别命名为FSHRTV1、FSHRTV2和FSHRTV3,分析发现这3个不同的选择性剪接体的CDS长度依次为2202 bp,2184 bp和2082 bp,分别编码198、299和693个氨基酸。并且FSHRTV1和FSHRTV2分别在第7外显子和第9外显子处有一段120 bp和201 bp插入,这两个插入都导致了翻译的提前终止。本研究通过qPCR的方法检测FSHR基因在番鸭14个组织中的表达规律,发现番鸭FSHR基因在卵巢组织中高度表达(P=0.0162);在肺,肝脏和腹脂中也有较高地表达,而在垂体、大脑、皮脂、脾脏、肾脏、腿肌、下丘脑、小脑、心脏和胸肌中表达则量较低。本研究选取广东温氏思劳育种场M103品系白羽番鸭223只,并且记录其开产日龄、300日龄产蛋量和59周龄产蛋量,通过PCR、SNaPshot等方法鉴定了FSHR基因的多态性,发现在2082 bp的FSHR基因中总共有16个SNPs,其中有4个SNPs位于编码区。关联分析发现两个与产蛋性状关联的SNP位点,其中C320T与59W产蛋量显著相关(P<0.05),并且CT基因型个体对产蛋量有利;A227G与开产日龄显著相关(P<0.05),AG基因型个体对初期的产蛋量有利。总的来说,本研究揭示了FSHR基因的基因组结构,表达和不同转录本,并发现了两个与番鸭产蛋量性状相关的SNPs。这些结果表明FSHR基因可能在调节番鸭产蛋量的性状上起着重要的作用,并且可以作为番鸭产蛋量的分子标记辅助选择的候选标记。