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目的运用宏基因组学及培养组学的方法对健康人粪便样本和胆囊炎患者粪便及相应的胆汁样本进行高通量全基因组测序和高通量分离培养,对胆囊炎相关菌群进行全面解析,探讨胆囊炎菌群的致病机制。方法收集5例健康人粪便样本和5例胆囊炎患者的胆汁及相应粪便样本,采用11种不同的培养基对培养组样本进行大规模分离培养并同时抽提细菌总DNA,对分离培养出的细菌使用MALDI-TOF飞行时间质谱结合16S rRNA进行细菌鉴定。采用鸟枪法宏基因组测序技术对测序组样本进行测序,抽提环境中总DNA。基于培养组学、宏基因组学的结果,探讨胆囊炎菌群的致病机制。结果1、通过对5例健康人粪便标本和5例胆囊炎患者粪便和胆汁样本进行培养组学分析共分离鉴定到727株细菌,隶属于22个属,共40个菌种。其中健康人粪便中共分离出328株细菌,隶属于15个属,共20种;其中最常分离到的为双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)和埃希氏菌属(Escherichia),分别分离到53株、44株和33株。胆囊炎患者总共分离出399株细菌,隶属于18个属,35个种。其中胆汁样本分离培养得到细菌25株,隶属于6个属,共8种,排在前三位的菌株分别为肠球菌(Enterococcus)、酪黄肠球菌(Enterococcus casseliflavus)和克雷伯氏菌(Klebsiella)。粪便样本分离得到374株,隶属于18个属,共35个种,其中最常分离到的属为肠球菌属(Enterococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)和埃希氏菌属(Escherichia),分别分离到127株、49株和38株,粪便样本种排在前三位的菌株分别为肠球菌(Enterococcus)、酪黄肠球菌(Enterococcus casseliflavus)和埃希氏菌(Escherichia coli)。2、通过高通量测序对胆囊炎患者胆汁和粪便样本培养鉴定出的重要菌株进行耐药基因检测发现,对胆汁样本基因组不同位置共472个基因进行检测,共发现了118种耐药基因对15种不同类型的抗生素产生一定程度的耐药,其中arcA基因检出数最多,呈多耐药性质;对粪便样本基因组不同位置共99个基因进行检测,发现了39种耐药基因分别存在对10种抗生素具有耐药性,tet Q基因检出数最多,仅对四环素具有耐药性。两种样本检出共同耐药基因的数量为18个。结论1、胆囊炎患者肠道中存在的肠球菌属数量与胆汁菌群之间存在很强的相关性。2、胆囊炎症与肠道菌群改变具有一定潜在的关系。3、耐药基因arcA呈多耐药性质,而tetQ耐药基因仅对四环素具有耐药性。胆囊炎患者胆汁和粪便样本中耐药基因相同的数量为18种,重叠率为15.25%,差异较大。4、通过培养组学和宏基因组学的结果我们发现,两者之间存在显著差异,胆汁样本、粪便样本检出的重叠率分别为9.09%、26.09%。