鲫鱼是最受欢迎的淡水产品之一，在我国各地均有分布和养殖。引种驯化、选育和改良了一些性状优良、经济价值高的品种，如白鲫、湘云鲫、异育银鲫等，在原有的基础上更加丰富了我国的鲫鱼品种资源。但一些不宜进入自然水域的鲫鱼养殖品种，因人为或非人为因素进入自然水域。有关它们对天然鲫鱼种质资源的影响还没有引起足够重视。本文对浙江五个地区自然水域鲫鱼样本进行对比分析，旨在探究外来鲫鱼对本地野生鲫鱼种质资源的影响。2010年5月-2011年11月期间从嘉兴桐乡、金华义乌、宁波慈溪、杭州千岛湖和湖州太湖五个地区的鲫鱼样本，用形态学分析（侧线鳞数、腮耙数、体型、体色、性别比）、倍性分析（核仁组织区银染、流式细胞技术）和分子生物学鉴定（PCR-RFLP技术）等技术对样本进行对比分析。通过血细胞核仁组织区银染（Ag-NORs）、流式细胞术对千岛湖、太湖、嘉兴桐乡、金华义乌、宁波慈溪鲫鱼样本进行分析，得到三倍体鲫鱼的比率分别为50%、4.9%，2.5%、2.4%、9.2%。对上述地区二倍体、三倍体鲫鱼分别做形态学统计，发现侧线鳞≤27的个体均是二倍体，侧线鳞≥31的个体均是三倍体，处于28～30之间的个体存在二倍体三倍体混杂现象，而腮耙数、体型体色上均未发现能明显区分鲫鱼品系的特征。性别分析比较发现，浙江五个地区的三倍体鲫鱼都为雌性，嘉兴桐乡、杭州千岛湖、湖州太湖、宁波慈溪二倍体鲫鱼的性别比都接近1﹕1，而金华义乌二倍体鲫鱼的性别比为6.5﹕1，远远超过了正常二倍体鲫鱼种群的性别比，这可能是由于采样的偶然性所致。因此，从形态学指标无法对鲫鱼品种做出准确判断，两种倍性分析方法结果一致，各有千秋。采用PCR-RFLP方法分析鲫鱼不同品系mtDNA ND3/ND4L/ND4基因片段，对野鲫、异育银鲫、红鲫、白鲫、彩鲫、金鱼的基因片段进行测序，测序结果用RESearch-version1.0软件对限制性内切酶特异性位点进行分析，最终选择MvaⅠ核酸限制性内切酶对目的基因片段进行酶切，结果分析表明：基于聚合酶链式反应—限制性片段长度多态性分析能快速而准确地区分鲫鱼的四个不同品系。运用PCR-RFLP方法对浙江五个开放性水域中鲫鱼的样本进行研究分析，发现二倍体鲫鱼拥有保守的酶切位点，MvaⅠ核酸限制性内切酶酶切后只出现一种单倍型；三倍体鲫鱼的酶切结果出现四种单倍型，其中Ⅱ型属于异育银鲫，Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ型属于湘云鲫。首次在自然水域发现大量全雌三倍体湘云鲫，调查中养殖户反映发现三倍体湘云鲫存在可育现象。据此推测浙江地区自然水域发现的三倍体湘云鲫存在可育个体，由于是全雌，繁殖方式为雌核发育，但对于此发现还需要具体实验分析的进一步论证。浙江的五个采样地区中，均存在三倍体鲫鱼，其中杭州千岛湖三倍体鲫鱼高达采样总数的50%，在五个地区三倍体鲫鱼中湘云鲫占83.9%。这些三倍体为全雌，繁殖能力大大高于本地野生鲫鱼，所以它们对本地野生鲫鱼种质资源生存的胁迫作用不容忽视。