法院行使变更指控罪名权的合法性,是涉及我国刑事诉讼结构优化调整和刑事司法权力优化配置的重要问题。法院行使变更罪名权是否与我国刑事诉讼的基本原理相背离,是否必定会违反控审分离原则,以及是否必定侵犯被告人的防御辩护权,是关系该司法职权合法性的关键性问题。通过将法院行使变更指控罪名权的“合法性”概念科学界定为“合法律性”和“正当性”,并通过对境外法制发达国家的刑事诉讼立法及司法的比较分析,可以说明法院行使变更指控罪名权具有合法律性和正当性。法院行使变更指控罪名权的合法律性,主要表现在《刑法》和《刑事诉讼法》间接赋予法院行使变更指控罪名权和《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》(法释[1998]23号)直接规定法院行使变更指控罪名权两个方面。法院行使变更指控罪名权的正当性,主要表现在与我国刑事诉讼的目的、价值和构造等基本原理,以及刑事诉讼的控审分离原则、被告人的防御辩护权原则这两项基本原则相符合方面。我国现行法院行使变更指控罪名权的立法和司法实践还存在着不合理、不规范的问题,应当根据我国刑事诉讼结构特点并借鉴国外先进经验进行优化配置,主要包括限定法院行使变更指控罪名权的范围和对该司法职权的行使进行程序规制两个方面的内容。