基因转录调控中噪声效应的研究

来源 :中山大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tiankong20
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
越来越多的生物实验技术和理论研究发现基因表达调控是个非线性随机过程,外界噪声是不可忽略的。现已有大量的实验和理论研究阐明了噪声对非线性系统的影响,并发现噪声可诱导相变,产生随机共振等现象,所以展开这方面的研究有着十分重要的意义。在本论文中我们把随机噪声理论应用到基因转录调控模型中,通过求解相应的Langerin方程和Fokker~Planck方程来研究内外噪声对基因转录调控的影响。我们讨论了基因转录过程中调控蛋白的动力学模型,以及该模型中转录率、降解率和合成率等控制参数的随机涨落对基因转录“开-关”机制的调控;同时探讨了这些噪声之间相互关联程度对基因表达在多稳态之间跃迁的影响。从非线性动力学的角度来解释某些与基因转录调控有关的现象。 本论文主要包括四大部分: 首先,我们对基因转录过程中噪声的起源、分类及作用等进行了探讨。基因转录中存在内外噪声;内噪声通常是由于在转录和翻译过程中随机反应事件而导致的一个随机涨落;而外噪声是由于其他细胞成份数目的随机涨落引起的,进而间接导致另一个特殊基因表达的变异。在基因表达过程中噪声最重要的意义就在于尽管反应的初始条件相同,并经历相同的时间,不同的细胞却将沿着截然不同的路径演化。具有相同遗传因子的细胞和器官,尽管他们暴露在相同的环境下,但由于噪声的作用其表型却呈现出显著的差异。 其次,我们总结了基因转录的调控机制,基因转录调控模式包括真核和原核两种。在真核基因转录调控中,调控蛋白(又称转录因子)起阻遏和激活作用或兼有两种作用,但总体上来说是以激活蛋白的作用为主。在原核基因转录调控中,根据调控机制的不同可分为负转录调控和正转录调控,且两种调控同等重要。 第三,我们在Smolen等人建立的转录激活物的动力学模型基础上进一步研究了加性和乘性噪声对该模型的影响。我们从理论和数字上分析发现乘性噪声可明显的影响系统的稳态概率分布。使得系统从双稳态跃迁到单稳态。而加性噪声降低了转录激活蛋白的合成效率。而噪声关联对基因转录可起到一个“诱导”作用。乘性和加性噪声之间的正关联会抑制基因转录,而它们之间的负关联会促进基因转录。 最后,我们详细讨论了一个比较简单的原核基因转录调控模型-λ噬菌体感染大肠杆菌后演化的两种途径受内外噪声的影响。通过研究溶原体中阻抑物浓度的调控作用,发现转录率参数的涨落可直接影响cI基因转录的“开-关”机制。在溶原化和裂解调控中,噪声可使得调控蛋白CI和Cro的浓度发生振荡,在适当的噪声强度下甚至可引起随机振荡现象。另外我们探讨了调控蛋白CI和Cro降解率的涨落对其概率分布的影响,发现当降解率的噪声强度很大时可破坏系统原有的演化方向。
其他文献
本文主要研究玻色原子及由其组成的玻色分子的耦合系统的量子特征利动力学行为。首先利用平均场理论把耦合玻色系统的哈密顿量线性化并求解其本征值,发现线性化的哈密顿量的本
随着惯性约束核聚变在能源和军事上的应用发展,高功率激光器也日益受到更多关注。磷酸二氢钾(KDP)晶体是为惯性约束核聚变提供短波长的必不可少的谐波转换光学元件,其重要程度不言而喻。然而,长期暴露在空气中的KDP晶体容易受潮发雾,不仅降低光透过率,而且缩短其使用寿命。目前为解决这一问题国际上均采用镀膜技术,而溶胶-凝胶法制备的多孔二氧化硅(SiO_2)增透膜因具有良好的光学性质和高的激光破坏阈值而被普
北京正负电子对撞机重大改造工程(BEPCⅡ)正在进行,改造后的北京正负电子对撞机亮度将提高100倍,其探测器(BESⅢ)性能也有很大提高。飞行时间计数器是BESⅢ一个子探测器,它的功
自上世纪50年代提出厅堂音质空间感概念以来,一直是国外建筑声学研究者研究热点之一,其理论和评价体系在不断的发展和完善中。虽然空间感对厅堂音质的重要性早已得到确认,但不论
学位
由于量子理论和广义相对论在当今宇宙学的发展下显得不一致,而真正的量子引力理论还并没有形成,因此现象学上的研究是有意义的。非线性或双狭义相对论(non-linear or doubly sp
基于回廊耳语模式(whisperinggallerymode,WGM)的微谐振腔具有超高的品质因数和很小的模式体积,在集成光学、医药、探测等领域均有着重要的研究价值和应用前景。因此,它一直都是
分子动力学(MD)模拟方法研究液晶统计物理学是一种很重要的方法,它的基本思想是:用计算机模拟粒子的运动过程,从而计算系统的结构和性质,其中每一个粒子被视为在全部其他粒子所提供
强流脉冲离子束因其自身的诸多优越性,在材料领域里越来越受到重视。不同能量密度的束流因与靶作用效果不同而用来进行不同的研究目的,较低的能量可以直接用于改性,较高的能量既
电离层是地球大气被电离了的部分,是对人们生产、生活有着重要影响的近地空间的重要组成部分。中低纬度电离层由于处在电离层赤道异常区的特殊地理位置,是电离层闪烁高发区、