鸡主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)是由紧密连锁、高度多态的基因座所组成的位于16号染色体上的一个遗传区域,与多种疾病的抗性和易感性有关。本研究以饲养在相同条件下的优质新鸡种京海黄鸡100只为试验动物,在接种球虫卵囊后测定各项抗病指标,利用PCR-SSCP分型技术对京海黄鸡MHC B-F基因外显子3和B-LBⅡ基因外显子2进行多态性分析,通过关联分析,筛选出与不同抗病性状显著相关的SNPS位点,研究结果如下:1.京海黄鸡MHC B-F基因外显子3遗传多态性分析:引物P1扩增产物的测序结果为MHC B-F基因外显子3的部分序列,且有较高的同源性,共有205个碱基,编码68个氨基酸残基。PCR产物直接测序获得13个个体的DNA序列,共发现有30个核苷酸变异位点,其中测定序列中的变异均为碱基替代,未出现碱基插入和缺失,均含有杂合位点,其中43,44,169这三个位点上出现了第三种碱基型,增加了基因型和基因重组率。该序列所编码的68个氨基酸序列中,共发现有19个残基发生改变,DNA序列的同源性(175/205)高于氨基酸序列(52/68),表明其序列多态性更多地在氨基酸水平上表现。2.京海黄鸡MHC B-LBⅡ基因外显子2遗传多态性分析:引物P2扩增产物的测序结果是B-LBⅡ基因外显子2的序列片段,且有较高的同源性,所测鸡MHC B-LBⅡ基因外显子2的DNA序列共有270个碱基,编码90个氨基酸残基。PCR产物直接测序获得16个个体的DNA序列,共发现有60个核苷酸变异位点,其中测定序列中的变异均为碱基替代,未出现碱基插入和缺失,其中有些位点出现二种以上的碱基变化,增加了基因型数量和基因重组率。该序列所编码的90个氨基酸序列中,共发现32个残基发生改变,DNA序列的同源性(210/270)高于氨基酸序列(58/90)的同源性,表明其序列多态性也是更多地在氨基酸水平上表现。3.京海黄鸡MHC B-F基因外显子3的SNPS与抗球虫病性状的关联分析:对100只京海黄鸡进行MHC B-F基因外显子3的SNPS位点与抗病性状进行关联分析,共发现在有义突变中有9个SNPS位点与所检测的部分抗病性状存在不同程度的显著相关性。其结果为:29、89位点的SNP与β-胡萝卜素含量显著相关(p<0.05);28、50、92、95、155、158、175、177位点的SNP与硝酸根含量显著相关(p<0.05)。4.京海黄鸡MHC B-LBⅡ基因外显子2的SNPS与抗球虫病性状的关联分析:同时对100只京海黄鸡进行MHC B-LBⅡ基因外显子2的SNPS位点与抗病性状进行关联分析,共发现在有义突变中有15个SNPS位点与所检测的部分抗病性状存在不同程度的显著相关性:9、10、11、14、16、20、22、70、78、126、141、219、241位点的SNP都与体增重显著相关(p<0.05);70、206位点的SNP与球虫卵含量显著相关(p<0.05);24位点的SNP与硝酸根含量显著相关(p<0.05)。