瘿螨是一类世界性分布的植食性螨类。它们的种类繁多,目前超过4000个种类被报道。瘿螨对寄主高度专化,其中有约80%的种类仅仅被报道于一种寄主植物上。对比其它蜱螨亚纲的类群,瘿螨的个体微小,形态结构特殊。瘿螨的经济重要性仅次于叶螨,有些种类是农业害虫,又有些种类可以用于杂草的生物防治。因此,精准、快速的瘿螨分类需求不断增加。瘿螨的种内进化往往表现出寄主关联特性,这种现象被当作自然选择导致物种分化与成种的重要证据。之前的瘿螨分类学研究几乎全都基于形态学。然而,如果用于分类鉴定的形态特征是来自与同型进化的,那么所建立的分类系统就不能反映正确的类群内系统发育关系。因此,从另一个角度使用分子系统学方法重建瘿螨总科内的系统发育关系。选取了3个来自rRNA的分子标记和112个代表分类单元,使用贝叶斯、最大似然和最大简约的方法重建瘿螨总科系统发育。根据进化树内部良好的拓扑结构与分类单元形态特征的比较,重新修正一系列支系。对原瘿螨总科分类系统的单系测验的结果否认了其中3个科、1个亚科和4个族的单系性。祖征重建的结果表明了有5个用于分类鉴定的形态特征经历了多次独立进化,这是现行分类系统存在问题的关键。另外,瘿螨的寄主转移历史重建的结果表明寄主转移的发生局限于一定寄主范围内,这种寄主关联现象可以对瘿螨分类带来帮助。上述结果显示,通过综合形态特征、分子序列及寄主信息,可以制定出更准确的瘿螨分类系统,以及能对瘿螨的系统发育和进化有更深入的认识。瘿螨在形态上与蜱螨亚纲或真螨目的其他类群相比差异极大,这一进化上的间断发生的时间及其原因目前仍未得到合理解释,尤其是新发现的三叠纪的瘿螨化石,可不再认为瘿螨是近期衍生的。在瘿螨宏进化寄主关联的规律被证实后,可推测瘿螨的进化事件是由其寄主植物的进化事件所促成的。为了解决上述两个科学问题,本研究选取了18S rRNA全长序列作为分子标记,重建瘿螨总科及其相关外群的系统发育关系,并根据进化树的拓扑结构以及化石记录的校正,推算瘿螨起源与进化中若干个重要历史事件的时间。本研究结果支持瘿螨总科隶属于真螨目,但瘿螨与该目当中其它成员的亲缘关系尚不明确。通过比较瘿螨与寄主植物的进化历史,能合理地解释包括泥盘纪裸子植物起源、白垩纪被子植物爆发及白垩纪-第三纪大灭绝等重要历史事件对瘿螨起源和三大支系分化和各自辐射的驱动作用。 “多样化促成多样化”,即寄主植物的多样化促使了其寄生者瘿螨的多样化。然而,外群资源少以及地区特有的瘿螨种类的缺乏或许使本研究变得片面。期待有更丰富的种类样本和更客观的同源证据,去追溯瘿螨的起源与进化历史。瘿螨在全球广泛地分布,几乎是有陆生植物的地方就有瘿螨的存在。由于瘿螨与其寄主的紧密关系,瘿螨的区系分布需要重点考虑各个区系的植被情况。根据分子系统发育的分析结果,本研究统计出4个瘿螨分类类群在6个世界动物分类区系的分布情况,意在反映区系的植被种类与丰度对瘿螨种类与丰度的相关性。本文也不否认其它生态因子及地理隔离对瘿螨分布格局的影响。然而,现阶段瘿螨种类调查的不充分性和地区不平衡性是本区系研究的局限。分子标记在揭示出瘿螨隐存成种事件上有独特优势,并且这种隐存分化往往是寄主关联的。但是不同的序列数据往往得出不同的隐存种鉴定结果。本研究使用形态测量(32个形态数量特征)、线粒体(16S rRNA)和核(28S rRNA)分子标记来判断来自不同寄主和地点的山楂四瘿螨Tetra pinnatifidae可能的隐存种。基于分子标记的结果将该形态种区分出若干个支系,尽管这些支系在形态测量上没有表现差异。16S分子标记的结果支持各支系为独立的隐存种且支系内部存在寄主关联的分化。相对的,28S并不支持16S的隐存种鉴定结果,且支系内存在种群间共享的单倍型,说明寄主种群间可能存在基因流。高水平的线粒体基因分化以及低水平的核基因分化揭示出该山楂四瘿螨种群的分化处于非常初级的阶段。目前已有若干个瘿螨种类表现出寄主关联差异现象,即寄生在不同寄主的种群在包括遗传水平在内的多方面存在差异。寄主植物对这些瘿螨的分化成种初级阶段起重要的作用。之前的研究表明瘿螨的寄主关联差异现象可以通过形态测量和分子标记的方法检测出。本研究假设来自中国三个不同茶区的茶橙瘿螨Acaphylla theae和龙首丽瘿螨Calacarus carinatus种群间存在寄主关联差异现象,并通过分子标记的方法检验该假设。由于不同茶区种植着不同的近期辐射的荼品种,因此预测这两个寄主专化的瘿螨种类会对应地发生分化。然而,在使用基于两个分子标记的K2P遗传距离比较、单倍型网状图分析种群配对FST和AMOVA后,并未发现瘿螨的寄主植物与其遗传多样性存在联系。此外,检测到这些种群间只存在极低的单倍型多样型和核苷酸多样性,以及不存在地理分化的结构。这种不同寄主种群间寄主关联差异现象的缺失很可能说明了这两个瘿螨种类是多种茶品种间的广食者。种群间低水平的遗传多样性暗示着这两个瘿螨种类近期迁入并通过频繁的人为经济活动而被动扩散的历史。自然选择对物种的分化与成种初级阶段有重要的影响,而这一认识能够体现在瘿螨形态种内的寄主关联差异(host-associated differentiation, HAD)现象上,即不同寄主对其寄生者产生不同的选择压力,致使瘿螨表现出遗传水平的差异。尽管目前已有不少的证据说明瘿螨寄主关联现象,然而HAD现象的缺失、地理隔离因素的卷入及研究种类对象局限使得可能对瘿螨与寄主间关系的理解出现偏差。本研究尝试从群落的层面上理解瘿螨进化与寄主关系的普遍规律。实验选取两个分子标记,对中国东洋界裸子植物瘿螨群落的14个形态种作种群遗传结构分析,发现即便在相似的寄主环境下,瘿螨的HAD现象亦非普遍。尽管地理隔离能对瘿螨造成分化,但频繁的被动迁移使得地理种群依然有机会交流。本论文将瘿螨间遗传多样性的差异归因于其寄主转移的历史和其寄主的进化历史的差异,即瘿螨在稳定的寄主环境下稳定选择,而在多变的寄主环境下表现出多种进化规律。