戊型肝炎(Hepatitis E,HE)属于人畜共患病,是由戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)引起,该病对人类健康具有很大的危害。HEV在动物宿主中以猪的感染率最高,病毒载量最大,而且从中分离到的病毒和人源毒株也有较高的同源性。因此,摸清猪群中该病的存在状况,对防控人戊型肝炎的发生具有重要的公共卫生学意义。为了能够准确的了解上海地区戊型肝炎在猪群中的流行情况,从上海市10个辖区的40个猪场中采集918份粪便样品,其中444份为首次采集,474份为追踪调查采集。通过nested-PCR的方法,扩增HEV ORF 2的部分片断,通过测序和系统进化分析来研究病毒的存在状况。实验结果表明,918份份样品中的220份样品为HEVRNA阳性,阳性率24%。全过程分析显示各个猪场阳性率在0.0%～75%之间,在36号猪场中同时发现基因3型和基因4型存在,并进行连续追踪调查,结果显示该猪场基因4型在感染中占主导优势。选择部分阳性样品PCR产物,扩增的片断克隆T载体,进行测序。系统进化分析表明,基因4型HEV共有28株,和上海地区从人体内分离到的两株戊肝病毒有很高的同源性。基因3型HEV共有14株,在进化树中,这些病毒株形成一个新的分支,但是和一株日本离株较高的同源性。这说明基因3型在上海分布已经较为广泛,但在以前的研究显示,中国境内猪群中只存在基因4型,因而其来源还需进一步研究。用北京万泰生物药业有限公司提供的动物用HEV总抗体检测试剂盒,采用双抗原夹心法,检测来自上海某猪场的4周龄、8周龄、16周龄和经常母猪血清样品118份,以了解该猪场HEV抗体的存在情况。同时用RT-nPCRA方法检测血清中HEV RNA.结果显示:抗体总阳性率为90.7%(107/118),其中4周龄、8周龄、16周龄和经常母猪抗体阳性率分别为:85.7%(30/35)、88%(32/35)、94%(33/35)、92.3%(12/13)。血清中HEV RNA阳性率为10.2%(12/118)。结果表明该猪场HEV抗体阳性率高,而血清中HEV RNA阳性率较低,并且在较高抗体水平血清中可以检测出HEV RNA阳性。为了进一步了解,HEV不同基因型是否存在混合感染,参照中国流行基因型,设计两套型特异性引物进行扩增,基因4型目的片段为440bp,位于ORFI和ORF2结合处,基因3型目的片段为ORF2内的164bp,发现同一个体内同时存在基因4型和基因3型HEV。其中4型分离株SW-CSH4与中国分离株T21同源性高达94.5%,而与其他基因型HEV-序列比较同源性均在81%以下,属于4a亚型。基因3型分离株SW-CSH3与美国分离株US2同源性高达95.7%,与其他基因3型参考序列同源性均在85%以上,属于3a亚型。