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DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰之一。目前,已发现DNA甲基化与植物的生长发育、形态建成等方面有着密切的联系,但是关于DNA甲基化对植物果实发育的影响,尤其是对非呼吸跃变型果实发育影响的研究很少。在本研究中,我们首先对森林草毒(Fragaria vesca)等作物中的DNA甲基化修饰基因进行了鉴定,发现森林草莓中有9个含DNA甲基转移酶结构域的基因(包括8个DNA甲基化酶基因,1个tRNA甲基化酶基因),以及4个DNA去甲基化酶基因。对鉴定出的这些基因进行进化分析、结构域分析、motif结构、外显子结构等分析,发现也可分为与之前研究相一致的几类。森林草莓的甲基化酶分为四类,其中CMT3家族有3个,MET1家族有1个,DRM1/2家族有4个,甲基化tRNA的DNMT2家族有1个;DNA去甲基化酶有两类,其中DME家族有1个,DML(ROS1、DML2、DML3)家族有3个。前人研究表明,森林草莓从蔷薇科分化出来后,近期并未发生明显的基因复制事件,我们的Mcscan结果也发现:森林草莓中已鉴定出的这些基因,近期并未涉及全基因组扩张事件(Whole-genome duplications,WGD)与基因的串联复制事件(Tandem duplications)。本研究同时调研了 DNA甲基化酶和去甲基化酶基因在其它几种园艺作物中的分布情况,值得注意的是,DME这类去甲基化酶基因只在双子叶植物中有分布。二倍体森林草莓是一种典型的非呼吸跃变型果实。为了研究DNA甲基化与草莓这一非呼吸跃变型作物的果实发育和成熟的可能关系,我们选取草莓果实发育过程中五个关键时期(绿果期、白果期、转色前期、粉果期、红果期),通过RT-qPCR对鉴定出的DNA甲基化修饰基因的表达情况进行检测。结果发现:许多DNA甲基化酶和去甲基化酶基因都是在草莓果实转色阶段前后(由白果向红果转变阶段)表达量最高,这说明在草莓果实成熟阶段,DNA甲基化也许发挥了重要的作用。此外,由于森林草莓是草本植物,在自然界中极易受不良环境的影响,为了探究DNA甲基化在非生物胁迫下对草莓生长的调控作用,我们对四种非生物胁迫(干旱胁迫、盐胁迫、冷胁迫、高温胁迫)下,DNA去甲基化酶基因的表达变化进行了探究。结果发现:在DML家族中,不同的DNA去甲基化酶基因在这四种非生物胁迫环境下,表达水平会出现不同的变化,而唯一的DME家族基因在任何非生物胁迫时表达量水平都没有明显的改变,这可能与DML家族主要与营养生长阶段的去甲基化有关,而DME家族主要与生殖生长阶段的去甲基化相关。综上所述,我们在森林草莓中鉴定出DNA甲基化酶基因8个,很多在果实转色阶段前后表达量明显升高;DNA去甲基化酶基因4个,其中有2个在转色阶段表达量明显升高表达。这些数据表明,在非呼吸跃变型果实成熟过程中,DNA甲基化可能起了重要的调节作用。同时,DNA甲基化可能在草莓对非生物胁迫的响应过程中也发挥了一定作用。这些研究对DNA甲基化与其它非呼吸跃变型果实发育和成熟的相关性,以及DNA甲基化在植物应对非生物胁迫所起作用的深入研究奠定了一定的基础。