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紫椴具有重要的经济效益和生态效益，是国家Ⅱ级保护植物，但目前已处于渐危状态，数量和质量不断下降；野核桃具有重要的药用价值和经济价值，目前对其研究仅限于医药领域。本文以山东省紫椴和野核桃为研究对象，利用AFLP荧光标记方法对其进行遗传多样性、遗传结构、亲缘关系的分析，以期为紫椴和野核桃的种质资源评价、收集和保护提供一定的参考。实验结果如下:1.紫椴的遗传多样性分析：从64对引物组合中选取9对多态性较好的引物，共扩增出了1374条谱带，其中有1370条为多态带，多态带比例为99.70%。观测等位基因数(Na)、观测有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样度(H)、Shannon’s信息指数(I)分别介于1.9922-2.000、1.2738-1.3957、0.1802-0.2446、0.2986-0.3836，表现了较大的遗传多样性。62个单株之间的相似性系数介于0.3911-0.7953，平均值为0.5761。在相似性为0.60处，可将62个单株分成12组，来源相同的紫椴单株并没有完全聚合在一起，表明亲缘关系与地理来源并没有严格的相关性。62个单株中共有51个单株扩增出了特异性条带，共产生182条特异性条带，占多态带总数的13.3%，其中缺失带为6条，通过特异性条带可将82.3%的单株辨别开来。5个紫椴群体多态带比例介于38.68%-81.58%之间，平均多态带比例为60.33%，种级水平多态带比例为99.69%。多态性由大到小为：泰山后石坞>昆嵛山环山路>蓬莱南官山>鲁山雨林>崂山北九水。2.紫椴的遗传结构：群体遗传分化度为0.1545，遗传变异主要来自于种群内部，基因流为2.8324；群体间遗传一致度在0.9460-0.9935之间，平均值为0.9654；遗传距离介于0.0183-0.0557之间，平均值为0.0366，不同群体间遗传相似性较大；在遗传距离为0.035处，可将紫椴群体分成3类，遗传距离与地理位置之间并没有严格相关性。3.野核桃的遗传多样性：8对引物共扩增出1141条谱带，其中多态带1124条，不同引物扩增多态带数介于124-160之间，多态带比例98.5%。平均观测等位基因数(Na)、平均观测有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样性(H)、平均Shannon’s信息指数(I)分别为1.9845、1.3384、0.2095、0.3336。共产生179条特异性条带，包括10条缺失带，通过特异性条带，可将75.9%的单株区分开来。不同群体遗传多态带比例介于51.92%-80.12%之间，平均多态带比例为58.57%，种级水平多态带比例为98.45%。通过多态带比例和H、I对野核桃群体进行排序，结果稍有差异，多态性由大到小为：泰山佛爷寺＞崂山北九水>鲁山核心区边缘>昆嵛山南天门>泰山鹁鸽崖。4.野核桃的遗传结构：遗传分化度为0.1722，表明种群间的遗传变异占总变异的17.22%：基因流为2.4738，不同群体间基因交流广泛；遗传一致度介于0.9494-0.9721之间，平均遗传一致度为0.9573；遗传距离介于0.0283-0.0522之间，平均遗传距离为0.0437。在遗传距离为0.043处，可将其分成3类，遗传距离与地理位置之间并没有严格相关性。