目的:分析普通型手足口病患儿粪便中肠道菌群的特征,初步探讨肠道菌群在手足口病发病机制中的作用,为治疗及改善预后提供新思路。方法:纳入2019年7月至2019年12月于苏州大学附属儿童医院感染性疾病科住院治疗的普通型手足口病患儿30例为研究对象,并按性别、年龄匹配选取同期30例轮状病毒肠炎患儿、30例非肠道疾病的外科择期手术患儿,设置为对照组。运用16S rDNA扩增子测序技术分析手足口病患儿急性期新鲜粪便中肠道菌群的特征,并与运用同样检测手段的轮状病毒组、外科择期手术组患儿粪便中肠道菌群的特征进行比较,探讨肠道菌群在手足口病中的作用,为手足口病的发生发展提供更为全面的认识。结果:(1)一般资料分析:三组患儿年龄、体重、性别构成比差异无统计学意义(均P>0.05),各组间资料均衡可比。(2)测序数据处理分析:以97%的一致性(Identity)将序列聚类成为OTUs,共得到3,320个OTUs。对OTUs序列进行物种注释,注释到门水平的比例为78.34%,纲水平的比例为74.91%,目水平的比例为69.85%,科水平的比例为64.04%,属水平的比例为43.55%,种水平的比例为14.85%。(3)质量控制:研究对象肠道菌群稀释曲线提示随着测序数量的增加,曲线逐渐出现平台期,说明测序数据量渐进合理;研究对象肠道菌群物种累积箱形图提示曲线走向趋于平缓,表示此环境中的物种并不会随样本量的增加而显著增加,提示本次研究样本量充分,后续的数据分析可以开展。(4)肠道菌群多样性分析:①α多样性:手足口病组的肠道茵群在物种丰富度及均匀度上低于外科择期手术组,高于轮状病毒组(P<0.05);三组肠道菌群在物种数量上无差异(P>0.05);②β多样性提示手足口病组与对照组之间的肠道菌群结构组成具有较为明显的分区趋势。(5)肠道菌群丰度结果分析:门水平上,三组均主要由厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门构成,优势菌种一致,但丰度所占比例不同,三组中丰度最高的均为厚壁菌门,丰度范围在37.10%～47.98%,而轮状病毒组拟杆菌门丰度水平在三组中最低;纲水平上,三组均主要由拟杆菌纲、梭状芽孢杆菌纲、γ-变形菌纲、unidentified_Actinobacteria、芽孢杆菌纲构成,但丰度所占比例不同,手足口病组丰度最高的为拟杆菌纲;目水平上,三组优势菌群构成开始出现变化,尤其体现在手足口病组与轮状病毒组拟杆菌目、乳杆菌目丰度的不同;科水平上,三组优势菌群构成亦出现变化,尤其体现在手足口病组的瘤胃球菌科、毛螺旋菌科,轮状病毒组的肠球菌科、链球菌科;属水平上,三组的优势菌群构成同样发生变化,手足口病组丰度最高的为拟杆菌属,手足口病组中韦荣氏球菌属丰度水平在三组中最高;种水平上,三组间肠道菌群构成及其丰度水平均存在差异,手足口病组丰度最高的为大肠杆菌,手足口病组中鼠韦荣氏球菌丰度水平在三组中最高。(6)肠道菌群差异性分析:①手足口病组在与轮状病毒组的比较中,两组丰度差异显著的物种共有18种。拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、梭状芽孢杆菌纲、梭状芽孢杆菌目、毛螺旋菌科、瘤胃球菌科等1 1种菌群的丰度水平在手足口病组显著高于轮状病毒组,芽孢杆菌纲、乳杆菌目、肠球菌科、肠球菌属等7种菌群的丰度水平显著低于轮状病毒组。②手足口病组在与外科择期手术组的比较中,两组丰度差异显著的物种共有9种。韦荣氏球菌属(Veillonella)、鼠韦荣氏球菌(Veillonella_ratti)在手足口病组的丰度水平显著高于外科择期手术组,梭状芽孢杆菌纲、梭状芽孢杆菌目、毛螺旋菌科、乳杆菌目等7种菌群的丰度水平显著低于外科择期手术组。结论:①手足口病患儿肠道菌群结构及物种丰富度较轮状病毒组及外科择期手术组有显著差异。②手足口病患儿肠道菌群多样性降低,可能导致肠道防御功能减弱。③手足口病患儿肠道菌群优势菌属发生变化可能参与了手足口病的发生发展。