《中华人民共和国民法典》第1232条突破性地规定了生态环境领域的侵权损害惩罚赔偿制度。这是我国首次在生态环境保护领域规定惩罚性赔偿制度。《关于审理生态环境侵权纠纷案件适用惩罚性赔偿的解释》于2021年12月27日通过,明确了惩罚性赔偿制度适用于生态环境侵权领域。随着一系列法规的出台,标志着我国生态环境保护领域理论与实证研究均进入到新时期。但是,即便《民法典》与《适用解释》已经对该惩罚性赔偿制度的适用范围、要件进行了解释说明,也对在生态环境领域具体如何适用做出了规定,但生态环境损害赔偿诉讼中实际适用惩罚性赔偿的过程仍存在着诸如惩罚性赔偿金基准计算标准不明、对赔偿金的监管不到位等困境。本文首先从生态环境损害惩罚性赔偿制度的理论基础进行分析,对该制度做出规范解释,同时论述在生态环境损害中惩罚性赔偿的内涵,分析其惩罚与威慑功能,“准刑罚”的法律定位以及制度的构成要件等具体内容。其次,剖析司法实践中生态环境领域惩罚性赔偿制度的适用现状,通过司法裁判的观点与案件的争议焦点来寻找并分析司法困境,如重复责任折抵规则不明、惩罚性赔偿金认定基准规定模糊等问题。再次,通过分析国外做法并学习其先进经验,借鉴国外生态环境惩罚性赔偿制度的司法适用。最后,提出增加重大过失为主观构成要件;明确计算惩罚性赔偿基准的方法—优先选择替代等值法,并按比例确定金额;另外通过尝试建立重复责任的抵扣规则、完善监管赔偿金制度等对策,以期对解决适用困境提供思路。