锌、铁、铜、锰等微量元素是日常人体生长、健康发育所必需摄入的，它们在生物系统的生理生化功能中扮演重要角色。若这些元素缺乏或者摄入量不足，将会导致人体的机能障碍和多种疾病。玉米是世界范围内种植最广的作物之一，它不仅是发达国家的重要的经济作物，而且还是许多发展中国家的主食作物。因此，开展玉米富微量元素遗传研究，提高玉米子粒营养元素含量具有深远的意义。　　本研究对以玉米自交系178和P53为亲本构建的124个的重组自交系(RIL)群体和包含248份玉米自交系的微核心自然群体进行连续两年的表型测定，并使用Genotyping By Sequence(GBS)方法对它们进行基因型分型，然后运用连锁定位和关联分析的方法对玉米子粒锌、铁、铜、锰含量进行遗传定位，挖掘主效位点或紧密关联的分子标记，以期为富微量元素育种提供理论依据。主要研究结果如下:　　1.对RIL群体使用滑动窗口(sliding windows)方法分析得到了7，278个重组bin标记，标记的总长度为2017.13Mb，平均物理长度为0.28Mb;利用以上bin标记进行了遗传连锁图谱的构建，得到图谱的总长度为2568.99cM，标记间平均遗传距离为0.35cM的高分辨率遗传图谱。　　2.RIL群体两年的QTL定位结果显示，与子粒锌、铁、铜、锰含量相关QTL有12个，分布在7条染色体上;单个QTL的遗传区间在0.42～26.06 cM之间，平均为12.75cM;物理区间的变异范围在之间1.07～10.56Mb，平均为5.61 Mb;单个QTL表型贡献率在1.80％～15.53％之间;在3号染色体存在2个分别控制着玉米子粒锌、铁含量的QTL（qZn3和qFe3）是共定位位点，它们的置信区间基本重合。　　3.对测序获得标记进行筛选后等到10，684个质量较高的SNP用于全基因组关联分析，结果显示，两年一共检测到83个SNP与4个性状相关联(P＜10-3.5)，单个SNP解释的表型贡献率在7.91％～34.83％之间，平均解释的表型变异为14.27％。对于同一性状，两年间同时检测到的SNP位点有2个（6_144546709和9_2619581），它们分别与锌和锰含量相关。同时，在第1、3和8号染色体上有4个SNP位点同时关联到铁和铜元素含量。此外，在多条染色体上存在一些毗邻的SNP位点，这些位点至少与一个性状关联。　　4.比较两种分析方法，发现2013年定位到的QTLqCu8与2015年关联到的位点8_172892857存在重合，qCu8的表型贡献率为6.594％，位点8_172892857的贡献率为15.52％，这个共定位位点对后续的基因挖掘及克隆具有重要的意义。　　5.对关联分析得到的位点进行候选基因挖掘，结果在部分SNP上下游50 Kb的物理区段发现了26个候选基因，这些基因参与转录因子的合成、蛋白质的合成与分泌、钾离子(K+)转运蛋白构成等过程。　　综上，玉米子粒锌、铁、铜、锰含量是对环境反应比较敏感的数量性状，以重组bin为标记构建遗传连锁图谱，定位到的QTL置信区间小，精确度高。关联分析能够检测到遗传作用差异较大SNP位点，是解析子粒微量元素遗传的有效方法。