集群作为具有空间集聚性和地域根植性的新型经济组织形式,是国家和区域保持竞争力的核心所在。创新为集群企业摆脱锁定和衰退提供了一种可靠选择,但随着产业布局全球化、劳动分工细化、市场竞争激烈化,创新的形式也随之发生改变。集群企业出于控制创新风险、降低创新成本、缩短创新周期的考虑,逐渐从单打独斗的创新方式转变为寻求协同。换言之,协同创新无论从理论创新的角度,还是实践发展的需要,都是一种促进集群企业保持竞争优势和促进集群整体转型升级的有效途径。本文以协同创新自组织失灵的集群为研究对象,从集群转型升级的需要出发,以集群企业的层面和集群系统的层面相结合,刻画集群企业协同创新的自组织结构、系统演化过程,讨论协同创新自组织得以产生的驱动因素,阐释协同创新失灵现象的特征和理论机理,分析协同创新失灵时的政府激励机制,进而提出治理协同创新失灵现象的措施。其中,对协同创新失灵现象的理论机理分析、政府激励机制解析以及治理措施,是本文的主要关注点。研究发现,协同创新失灵包括“难协同”和“不协同”两种形态,失灵的理论机理主要来源于集群企业间的信息不对称、有限理性和机会主义。部分失灵现象可通过集群企业和行业协会的自组织行为消减,但针对集群企业自组织无法克服的障碍,一旦协同创新失灵形成,在没有外部动力介入的情况下,协同创新系统会在负反馈下不断闭环强化,最终被牢牢锁定在“不协同”的失灵稳态。结合集群企业协同创新多方参与的特点,本文基于演化博弈思想尝试建立政府激励机制下的三方参与的协同创新模型,考虑在政府激励的前提下,政府及集群企业的协同创新策略选择,分析集群外生变量对决策过程的影响,并探讨如何保障最优状态的实现,使政府与集群企业达到双赢的局面。最后,本文从自组织行为和政府行为两方面就消减集群企业协同创新失灵现象给出治理措施,并期望所得到的相关结论能对促进集群企业协同创新提供理论依据。