由甘蔗黑穗病菌引起的甘蔗黑穗病是世界各植蔗区最主要真菌病害之一,目前我国甘蔗主栽品种均普遍感染黑穗病,经济损失十分严重。选育抗黑穗病品种是控制甘蔗黑穗病的重要措施,但是,目前国内蔗区甘蔗黑穗病菌生理小种不清楚,抗病育种盲目性大、效果差。本文采用简单重复区间（Inter-simple sequence repeat,ISSR）分子标记和目标起始密码子多态性（Start codon targeted polymorphism,SCo T）分子标记技术对采自我国广东、广西、云南、海南及江西5省蔗区的90个甘蔗黑穗病菌分离物进行遗传多样性和种群遗传结构研究,并选择不同遗传类群5个代表性分离物测定其与寄主互作主要防御酶活性变化差异,为我国甘蔗黑穗病菌生理小种分化提供科学依据。本研究主要结果如下:（1）建立了最佳甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg²⁺1.7 mmol/L、rTaq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg²⁺+free),总体积25μL。（2）筛选出ISSR多态性引物15条,15条引物共扩增出162条带,其中115条为多态性条带,多态率为71.0%,平均每条引物产生10.8条带,多态性信息含量PIC值在0.12⁰.92之间,平均PIC值为0.82;筛选出SCo T多态性引物14条,14条引物共扩增出135条带,其中98条为多态性条带,多态率为72.6%,平均每条引物产生9.6条带,多态性信息含量PIC值在0.65⁰.91之间,平均PIC值为0.82。（3）基于ISSR、SCo T和ISSR+SCo T分子标记数据的90个分离间Jaccard’s遗传相似系数的变化范围分别为0.522⁰.981、0.573⁰.942和0.586⁰.946。以ISSR+SCoT数据为基础的相似系数中,39号和41号分离物间遗传相似系数最高,这两分离物均采自广西田阳,71号和86号分离物间的遗传相似系数最小,分别采自广西柳城和云南临沧。总群体基因多样性（Ht）、种群内基因多样性（Hs）、总群体的遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）分别是0.245、0.169、0.309和1.117。总群体内部存在着高度的遗传分化（Gst>0.15）,总变异中30.9%来自亚种群之间,而69.1%来自亚种群内部的变异。（4）ISSR和SCoT分子标记Mantel检测的相关性r=0.838,两种标记之间具有显著的相关性。基于ISSR和SCo T两种分子标记的90个甘蔗黑穗病菌分离物的聚类分析和主成分分析结果一致。采自相同省份或相同生产区域的分离物趋向于聚类在同一类群,除采自广东雷州、广西合浦和海南儋州的分离物总是聚类在一起,而采自粤北翁源和粤西雷州的分离物,分别聚类在不同类群中。甘蔗黑穗病菌的分子遗传多样性与其地理来源有显著的相关性,而与其寄主没有相关性。（5）不同遗传类群的5株代表性分离物侵染甘蔗引起的寄主SOD、POD、CAT活性变化曲线中均存在2个酶峰值,抗病甘蔗品种Q171中PPO和感病甘蔗品种ROC22中PAL也存在2个酶峰值,接种后1d出现峰值Ⅰ,接种后3⁵d出现峰值Ⅱ。其中峰值Ⅱ时期,5株分离物侵染的甘蔗上述5种防御酶活性均高于对照,但不同分离物侵染的甘蔗SOD、POD、PAL酶活性的峰值Ⅱ大小及出现时间表现出差异,尤其是89号分离物峰值Ⅱ比其余4个分离物峰值Ⅱ出现时间提早1²d且峰值差异明显。初步认为89号分离物可能代表着与其它分离物不同的致病型或生理小种。