近年的研究证明光合蓝细菌是一个很好的细胞工厂，可以用来生产可再生的生物燃料和化学品，因为它可以利用太阳能作为唯一能源，CO2作为唯一的碳源生长。生物合成的碳中性的烷烃具有良好的化学特性，是很好的生物能源产品，但是烷烃对光合蓝细菌有毒害作用，要想在光合蓝细菌中实现烷烃的大规模生物合成，首先要解决的问题就是提高光合蓝细菌对烷烃的耐受性。为了得到一株高耐受烷烃的菌株，我们利用iTRAQ标记的定量蛋白质组学分析方法通过LC-MS/MS技术，分析了光合蓝细菌的模式菌株—集胞藻PCC6803在己烷胁迫下的反应。该研究中我们共鉴定到1492个特有蛋白，占集胞藻基因组预测蛋白总数的42%，鉴定到的蛋白中有164个上调蛋白，77个下调蛋白，通过功能注释和KEGG代谢途径注释分析得到，这些蛋白主要包括：转运蛋白、膜结合蛋白、氧化应激蛋白、硫中继系统蛋白及光合作用相关蛋白，所以应对己烷胁迫集胞藻会采用一般的应激响应机制，这些可能就是集胞藻应对己烷压力的主要保护机制。为了进一步说明蛋白质组数据分析结果的可靠性，我们利用构建突变株的方法进行了验证，选择蛋白质组学数据中表达量上调的基因，构建了△slr0298、△sll0779、△slr1490、△slr2131、△slr1205、△slr1828六个突变株，在正常BG-11培养基和加入0.8%己烷的BG-11培养基中测定了突变株和野生株的生长情况，结果发现突变株与野生株相比生长情况没有明显区别，说明集胞藻对己烷的反应比较复杂，对单一基因的改变不能够全面改变其烷烃忍耐性。本研究第一次系统分析了蓝细菌的模式菌株—集胞藻PCC6803对己烷的复杂的耐受机理，同时该分析为工程改造光合细菌提高耐受性构建高耐受烷烃的菌株，找到了一些潜在的靶点。