铝毒害是酸性土壤中限制作物生长发育的关键因素,如果能解决铝毒害在酸性土壤中对作物的危害,就能提高酸性土壤上作物的产量和品质。本研究使用甜玉米耐铝自交系T56和铝敏感自交系T49为试验材料,对其苗期耐铝性状进行QTL定位和转录组分析,主要结果如下:以耐铝自交系T56为父本,铝敏感自交系T49为母本,用其208个F₂单株作为遗传作图群体。从玉米基因组数据库中选取826对SSR引物序列,从中筛选出187对多态性好的引物,其中有153对SSR引物连锁到连锁群上。连锁群图谱全长1199.10cM,平均间距7.83 cM,间距范围从6.05 cM到11.61 cM,该遗传连锁图谱满足QTL定位的要求。利用T56和T49的F₂群体,对5个耐铝性状指标（苗高、苗重、根长、根重、整株鲜重的性状系数）进行QTL定位,一共检测到17个QTL位点。其中检测到3个苗高系数（PH）QTL,分别在第2、3、9染色体上,可解释的表型变异在1.26%-18.93%之间;检测到4个苗重系数（SW）QTL,分别位于第1、9染色体上,可解释的表型变异在7.96%-25.37%之间;检测到4个根长系数（RL）QTL,分别位于第3、9、10染色体上,可解释的表型变异在5.63%-23.56%之间;检测到3个根重系数（RW）QTL,分别位于第5、9染色体上,可解释的表型变异在13.14%-23.77%之间;检测到3个整株鲜重系数（FW）QTL,分别在第6、9染色体上,可解释的表型变异在6.46%-18.70%之间。本试验检测到的五个性状系数QTL均有一个位于第9染色体上,标记区间为phi065-umc1271,可解释的表型变异在18.67%-25.37%之间,由此推测这个区间存在稳定的甜玉米耐铝主效基因,可为甜玉米耐铝基因的定位、筛选和耐铝新品种选育提供一定的参考意义和理论指导。通过对转录组结果的分析,铝处理0小时,T56和T49之间存在3532个差异表达基因;处理1小时下,两个亲本之间存在2185个差异表达基因;处理4小时下,两个亲本之间存在2625个差异表达基因;处理24小时下,两个亲本之间存在4517个差异表达基因。经GO富集分析,共有9个差异表达基因显著富集的GO Term与植物耐铝相关。经KEGG富集分析,差异表达基因显著富集的通路苯丙素的生物合成与植物的耐铝相关。进一步分析得出,在铝处理1 h、4 h和24 h均差异表达的与铝响应相关的基因有320个。第9染色体phi065-umc1271区间内和两亲本铝处理24小时之间相同的差异表达基因有25个。把这25个基因和在铝处理1 h、4 h、24 h后均表达的320个差异表达基因对比,有一个相同的差异表达基因Zm00001d046262。这个差异表达基因可能是甜玉米耐铝毒的关键基因,可以提高甜玉米耐铝毒的能力,为选育耐铝毒能力强的甜玉米品种提供一定的研究基础。