中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis),是杂食性水生动物,也是我国重要的水产养殖经济动物。生物体内外的微生物在生物生长发育以及其他重要的生命活动中起到不容忽视的作用。但到目前为止对于中华绒螯蟹体内外微生物多样性的研究并不多。为了进一步了解中华绒螯蟹体内外的微生物多样性,同时为了给中华绒螯蟹的优质养殖研究提供一条新思路,本文采集了上海周边养殖场中华绒螯蟹肠道和鳃以及饲养环境中的池水、底泥和水草样品,利用核酸提取、文库DNA构建、高通量测序等技术对样品中的宏基因组进行了测序,并对测序后的数据进行生物信息学分析,得到的结果如下:1.上海郊区8个养殖场中华绒螯蟹微生物多样性分析:8个上海郊区的养殖场中中华绒螯蟹中鳃的主要菌种为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和Saccharibacteria门。肠道中的优势物种为变形菌门、厚壁菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、拟杆菌门,部分池塘还存在放线菌门和Saccharibacteria门的生物,与鳃相比少了柔膜菌门的生物。PCA和组间差异显示了不同环境下的中华绒螯蟹存在共有微生物,也存在组间差异显著的生物。其中,鳃的微生物结构受环境影响较肠道大。2.蓝藻爆发对中华绒螯蟹及其环境微生物多样性的影响在蓝藻组和对照组中,肠道和鳃中都含有拟杆菌门和变形杆菌门,但鳃中含有放线菌门,而肠道中则没有出现。在蓝藻组中,肠道中大面积出现了柔膜菌门的物种;但是在对照组中,柔膜菌门的物种只在鳃中出现,且大部分含量不高。肠道中都含有一定量的厚壁菌门,这也出现在一些对照样品中。VEEN图显示,在蓝藻组和对照组中,肠道、鳃和环境中共有OTU数目分别为355、321和222。NMDS图则表明,不同环境中河蟹肠道的菌群结构距离很短,有较多部分重合,菌群结构的差异小;而鳃的微生物组成相对独立,菌群结构差异较大。组间检差异检测也印证了这一点,鳃中的存在差异的物种较肠道多。3.不同饲料喂养对中华绒螯蟹及其环境微生物多样性的影响在动物饲料塘和饲料塘分组中,肠道和鳃的微生物优势物种在门水平上没有呈现显著差异;并且,在组间差异检测上,不同饲料对于肠道和鳃的影响较小。从VEEN图分析,肠道和鳃的共有OTU分别为402和295个,肠道中比鳃中共有OTU多三分之一。NMDS图则表明,鳃的菌群差异性较肠道菌群差异大。推测其原因为:投喂的饲料一组为颗粒饲料,另一组为颗粒饲料和海水饲料鱼,但是饲料成分差异不大,未对微生物结构产生显著性的影响。