改革开放以来中国经济实现了快速发展,但是随着经济发展的深入,促进自主创新,实现产业结构调整成为越来越急迫的任务。企业自主创新离不开资金、劳动、土地、技术四大生产要素。随着中国教育和科研水平的不断提高,科技水平有了较大的进步,而融资问题显现得更加突出。从中国目前的实际情况来看,资金已成为企业自主创新最急需的生产要素。因此,金融结构对企业自主创新的影响显得极为重要。关于市场导向型与银行导向型金融结构孰优孰劣的争论已经持续了近一个世纪,国内外许多学者对这一问题进行了深入研究,研究的范围也逐步从英国、美国、德国、日本等国家的比较分析延伸到新兴市场国家和一些发展中国家。通过对美国和日本两个国家金融结构特征的分析,结合三次技术革命的发展历程,本文发现企业自主创新总是在市场导向型金融结构的国家开始,却在银行导向型金融结构的国家得到快速发展。通过深入分析发现,两种金融结构在融资功能、风险管理功能、处理信息不对称功能、公司治理功能方面各有优势。金融市场在风险管理和公司治理方面具有比较优势,当市场前景不明朗时,金融市场能更好的引入高风险投资者,有利于企业自主创新的萌芽；而银行中介在处理信息不对称方面具有优势,银行导向型的金融结构将更好的促进企业自主创新的成熟与繁荣。和大多数研究的结论一样,本文认为从长期来看,市场导向型与银行导向型的金融结构在促进企业自主创新方而没有绝对的优势差异,但是在不同的经济发展阶段两者之间所展现的作用会略有不同。本文根据中国目前的国情对金融结构与企业自主创新之间的关系进行了相应研究。选取中国1991—2009年的数据,对金融结构与企业自主创新的关系进行了实证研究,结论表明目前中国金融结构与企业自主创新呈现负相关关系,可知在现阶段直接融资相对于间接融资在支持企业自主创新方面更有效率。但是,这并不意味着直接融资可以替代间接融资在支持企业自主创新中的作用。目前中国基本上还是一种银行主导型的金融结构,市场融资处于辅助地位。由于国有商业银行的绝对垄断地位和资本市场的不完善,这种金融结构在融资功能、风险管理功能、信息提供与处理功能、公司治理功能上的缺陷严重制约了企业自主创新的进行。为了进一步分析,本文又分别利用宏观和微观两个层面的数据对直接融资与间接融资在企业自主创新中的作用进行了实证分析。宏观层面仍然选取1991—2009年的数据,研究了直接融资和间接融资对企业专利受理量和授权量的影响。微观层面采用中国工业企业数据库1999—-2007年1500家企业的自主创新数据,实证分析了企业股权融资和债权融资对企业新产品产值的影响。宏观和微观两个层面的研究都表明直接融资和间接融资对企业自主创新有显著的促进作用。从作用的大小来看,直接融资比间接融资对企业自主创新的影响系数要高。我国间接融资对企业自主创新的制约主要是因为国有商业银行的垄断性较强,其阻碍了银行较好的发挥融资功能、风险管理功能、信息提供与处理功能和公司治理功能。我国直接融资对企业自主创新的制约主要源于整体发展水平太低。减少政府行政管制,建立资本市场有效的运行机制,不断完善多层次的融资体系是发挥资本市场配置金融资源的关键。无论是从理论还是从实践上看,市场导向型与银行导向型的金融结构在支持企业自主创新方面各有优劣,人为的制定某种金融结构对促进企业自主创新没有明显的作用,并且人为的改变金融结构可能导致市场的不稳定。如何在已有的金融格局下完善企业自主创新的融资体系更为重要。目前,为了更好地支持企业自主创新,中国需要更加多元化的融资体系和更高的金融总体发展水平结合中国金融结构对企业自主创新影响的实证研究,直接融资比间接融资在支持企业自主创新方面更有效率,应该把大力发展资本市场放在首要位置。在中国企业自主创新还处于初级阶段时,资本市场对企业自主创新的促进作用非常明显,尤其是建立和发展中小企业自主创新的多层次融资渠道。除此之外,还应该立足于中国间接融资为主的现实,在资本市场还未发展完善的情况下,努力建立以银行中介为纽带的企业自主创新融资服务平台,减少信息不对称对企业自主创新融资的阻碍作用。中国银行业经过长期的发展,在收集和处理企业与投资者的相关信息方面已经具备了相应的优势,能够为自主创新的企业寻找合适的投资者,这也对银行建立与企业和投资者的长期关系有重要意义。同时,可以拓展金融资本与产业资本相结合的新模式,为企业自主创新提供更加稳定和长期的资金。日本之所以能够在二战后迅速发展,并且建立了世界领先的创新体系,产业资本与金融资本的结合是重要的方面,这为中国提高企业自主创新能力提供了新的思路。除此之外,还需要提高金融体系的竞争程度,促进金融产品创新和保障金融改革的有效实施。总的来说,中国现在最重要的目标是完善和强化金融体系的有效运转、实现金融服务功能、积极培育和发展金融市场,从而使得现有金融体系更好地支持企业自主创新。