农民专业合作社作为新时期政府重点扶持帮助的农民合作组织，在维护农民自身权益、抵御市场风险、沟通政府与农民的关系和发展现代农业过程中，其作用是其它农民合作组织无法代替的。但是，随着我国农业体制改革的不断深入，农民专业合作社在发展过程中的许多问题日益凸显，这些问题已经影响农民专业合作社的健康发展。如何解决这些问题，事关我国农民切身利益，以及我国农业现代化建设是否能够顺利进行。党的十八大提出：要“坚持和完善农村基本经营制度，依法维护农民土地承包经营权、宅基地使用权、集体收益分配权，壮大集体经济实力，发展农民专业合作和股份合作，培育新型经营主体，发展多种形式规模经营，构建集约化、专业化、组织化、社会化相结合的新型农业经营体系。”由此可见，发展农民专业合作社已经成为建设新型农业经营体系的重要内容。因此，对我国农民专业合作社在发展过程中出现的问题进行研究，并提出具体对策具有重要的现实意义。本文通过对我国新时期农民专业合作社发展过程中问题的梳理，分析了我国农民专业合作社出现这些问题的原因，并按照新型农业经营体系建设要求提出了具体的对策。全文包括以下几个方面：第一部分：介绍了本文的研究背景，同时对国内外研究的现状和本文的研究方法做了简要的概述。第二部分：对农民专业合作社的概念进行了界定，比较深入地阐释了发展农民专业合作社所依据的理论基础，提出发展和壮大农民专业合作社的现实意义。第三部分：介绍了我国农民专业合作社的发展现状和特点，重点总结和梳理了农民专业合作社在发展过程中存在的问题，这些问题主要表现在农民专业合作社的规模小、资金紧缺和人才匮乏、内部运行机制不合理和缺乏政府科学和有效的支持等方面。第四部分：分析了我国农民专业合作社存在问题的原因。农民专业合作社市场竞争机制不完善；成员短视导致融资和吸引人才困难；产权制度和经营机制不完善；政府的不当干预等。第五部分：针对我国农民专业合作社存在的问题，提出了相应的解决对策：加强专业化和社会化建设，增强市场竞争力；探索多渠道的融资方式和人才培养模式；依法规范农民专业合作社的产权制度和运行机制；完善政府的扶持手段和政策。