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随着分子生物学和现代生物技术的发展,分子标记辅助选择已广泛应用于动物育种中,新一代分子标记SNP(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)的出现使得从DNA水平上对猪的相关性状进行选择成为可能,加快了种猪育种进程。本研究以美系大白猪和法系大白猪群体为实验材料,采用PCR-RFLP技术对MC4R(melanocortin-4 receptor,黑素皮质素受体4)、IGF2(insulin-like growth factor 2,胰岛素样生长因子2)和VRTN(vertebrae development homolog,椎体发育同源物)三个功能基因进行了SNP多态性检测及生产性状关联分析,得到以下结果:(1)MC4R基因是与脂肪沉积调控有关的功能基因。本研究关联分析结果表明,在美系和法系大白猪中,MC4R基因Asp298Asn位点(A/G突变)多态性与背膘厚、达100 kg体重日龄等性状存在极显著关联(P<0.01);携带G等位基因的个体具有更低的背膘厚度和更快的生长速度,为优势等位基因,并且MC4R基因加性效应达到极其著水平(P<0.01)。(2)IGF2基因是与细胞、胚胎生长和组织分化相关的一个关键的生长因子,本研究关联分析结果表明,IGF2基因Intron3中G3072A位点多态性与背膘厚、初生重、达100 kg体重日龄和眼肌面积之间存在极显著关联(P<0.01),A等位基因为优势等位基因,对降低背膘厚、增加初生重、增加眼肌面积和提高生长速度有显著影响,并且IGF2基因加性效应均达极显著水平(P<0.01)。(3)VRTN基因是影响猪的脊椎数发育的功能基因,本研究关联分析结果表明,VRTN g.2031120312ins291位点多态性与左乳头数、总乳头数等性状存在显著关联(P<0.05),与体长和达100 kg体重日龄存在极显著相关(P<0.01),该等位基因是增加体长、增加乳头数和提高生长速度的有利等位基因;在总乳头数性状上,VRTN基因加性效应均达显著水平(P<0.05),在体长和达100 kg体重日龄性状上,VRTN基因加性效应达到极显著水平(P<0.01)。本研究通过验证了MC4R、IGF2和VRTN基因内的SNP位点与猪生产性状之间的关系,为大白猪重要经济性状的分子标记辅助选择提供了理论依据。