河流是大气环流和地球下垫面共同作用的产物，为人类提供了重要的生存环境和多种生态服务功能。当前，河流生态系统不断受到人类活动的干扰和损害，恢复和维持一个健康的河流生态系统已经成为近年来环境管理的重要目标。河流健康状况评价是河流管理和河流生态系统监控的基础。如何表征和评价河流健康状况正成为河流生态学领域的研究热点之一。为此，本论文在系统收集、整理美国、欧盟、英国、澳大利亚和南非等西方国家开展的相关研究资料和成果与国内的相关研究进展的基础上，运用多指标评价原理，选择了河流生态功能、水质、水生生物、河岸带与物理结构五个要素、14个指标作为城市河流生态健康评价指标，采用专家咨询法和层次分析法，建立了城市河流生态系统健康评价指标系统模型，并将之应用于广东省中山市S河综合整治后的河流健康评价上。研究的主要内容包括：(1)国内外相关研究成果；(2)影响城市河流生态系统健康的因素和指标的选取；(3)评价指标的权重确定方法；(4)城市河流生态系统健康评价标准；(5)评价S河生态系统健康状况。本论文的研究结果为：(1)建立的城市河流生态系统健康评价体系涵盖了河流生态服务功能、水质、水生生物、河岸带河物理结构5个要素，涉及水污染、水生物、景观、防洪及自然生态保护等方面的14个二级指标，从整个系统健康的角度评估河流状况；(2)采用了定性分析与定量评判相结合的模糊层次综合分析法，实现了对城市河流生态系统的健康评价；(3)建立的评价指标体系模型对S河生态系统健康的评价得分为0.5341，评价结果为三级、亚健康，处于健康与不健康之间。