生物信息学联合组织芯片探讨TYMS基因在上皮性卵巢癌中的表达及临床意义

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhongtuo97
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[目的]通过研究胸苷酸合成酶(Thymidylate Synthetase,TYMS)基因在上皮性卵巢癌(Epithelial Ovarian Cancer,EOC)组织的表达及其与临床病理学特征的关系,探讨TYMS基因在EOC中的临床意义及可能的作用机理,为进一步研究提供理论依据。[方法]1.荟萃分析Oncomine数据库中TYMS基因在卵巢癌中表达的13项研究。利用cBioPortal数据库构建TYMS基因与其相关的基因表达网络图。在用于注释、可视化和集成发现的数据库(The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)中进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析,采用真核生物启动子数据库(Eukaryotic Promoter Database,EPD)挖掘TYMS结合位点。筛选出TYMS的上游基因E2F家族转录因子3(E2F Transcription Factor 3,E2F3)。2.用免疫组织化学方法(Immunohistochemistry,IHC)检测组织芯片中70例EOC及10例癌旁组织中E2F3、TYMS的表达,分析E2F3、TYMS表达与临床病理特征关系以及二者之间的相关性,探讨TYMS基因在EOC中的临床意义及可能的作用机理。[结果]1.通过对Oncomine数据库中挖掘TYMS基因在卵巢癌中表达的13项研究数据,发现TYMS在卵巢癌中呈现高表达,差异有统计学意义(P<0.05)。2.利用cBioPortal数据库获取与TYMS基因联系紧密的基因共39个,分别是 ATIC、CCNA1、CCNE1、CDC45A、CDC45、CDC6、CDT1、CSNK2A1、CSNK2A2、DHFR、DHFR2、E2F1、E2F3、FBXO5、GART、MTR、MTRR、ORC1、PCNA、POLA1、POLA2、POLD1、POLD2、POLD3、POLD4、POLE、POLE2、POLE3、POLE4、POLG、POLG2、PRIM1、PRIM2、REV3L、RRM2、SLC25A32、TFDP2、TK1、TK2。通过DAVID数据库构建了 16条GO功能注释和58条KEGG通路,TYMS基因的主要生物学功能为调节有丝分裂细胞G1/S期转化,cBioPortal数据库中获取的E2F3是G1/S期增殖调控的关键因子。通过EPD数据库发现TYMS基因DNA序列上的-1000~1000区域有四个与E2F3可能的结合位点,提示E2F3可与TYMS结合,直接调控TYMS表达。3.70例EOC组织中E2F3、TYMS的阳性表达率分别为65.71%、58.57%显著高于癌旁组织30%、20%的阳性表达率(P<0.05)。4.分析70例EOC组织中E2F3、TYMS蛋白的表达与临床病理特征的关系,发现E2F3在卵巢浆液性癌、国际妇产科联盟(Federation International of Gynecology and Obstetrics,FIGO)Ⅲ-Ⅳ期、有淋巴结转移的EOC患者组织中阳性表达率高于其他类型上皮性癌症、FIGO Ⅰ-Ⅱ期、无淋巴结转移的患者,差异有统计学意义(P<0.05);而其在不同组织分化程度及年龄的EOC患者表达未见显著统计学差异(P>0.05)。TYMS在卵巢浆液性癌、FIGOⅢ-Ⅳ期、有淋巴结转移、分化程度差的EOC患者组织中阳性表达率高于其他上皮性癌症、FIGO Ⅰ-Ⅱ期、无淋巴结转移及组织分化好的患者,差异有统计学意义(P<0.05);TYMS在<50岁与≥50岁的患者中的表达差异无统计学意义(P>0.05)。5.Pearson相关分析发现EOC组织中TYMS和E2F3表达呈正相关(R=0.885,P=0.001)。[结论]1.TYMS基因在EOC中表达显著增高,与EOC进展相关,值得进一步研究TYMS作为EOC诊断、预后预测及靶向治疗的潜在生物标志物的价值。2.E2F3可能通过与TYMS结合调控其表达,调节细胞周期进展促进EOC进展,但需要进一步进行体内外实验验证其作用机理。3.生物信息学作为一种新兴的科学,对生物医学的研究中寻找关键基因及潜在的治疗靶点具有重要意义,省时、省力,并可减少盲目性。
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