农村基层民主发展所能达到的高度取决于农村所处的国家宏观环境以及农村社会自身的政治、经济、文化、社会等具体条件,同时,农村村民自治的具体实践也是一个国家民主发展水平的直接体现,影响和制约着国家的民主化和现代化进程。农村的改革发展要靠国家的支持和引导,最根本的要靠农民自身通过一定的方式积极主动地谋求村庄的发展。而村民自治就是这样一种途径,它可以让农民主导农村的发展,全身心地投入到新农村的建设当中。本文从发展中国特色社会主义民主、扩大基层群众自治的目的出发,以马克思主义民主思想和科学发展观为指导,以系统理论和治理理论为分析框架,首先提出了对村民自治的新认识:村民自治是整体性的社会系统创新工程;村民自治是内生性的社会民主治理实践;村民自治是持续性的村庄社会整合重构。通过系统视角下的村民自治分析,将农村社会看作一个复杂的系统,将村民自治看作一项以村民为主体,以村庄社会为对象,以自治制度为基本依据,以参与协商为主要途径的系统治理工程。其次,本文选取无锡市滨湖区的三个村庄进行实地调研,由点到面地分析了当前农村村民自治的总体状况,系统研究了自治实践中存在的共性问题。同时,着眼于治理的内涵,本文从社会系统整合的角度梳理了建国以来我国农村村治体制的发展历程。从重构自主村庄社会的角度,尝试性地提出以构建治理型村庄社会作为村民自治的目标,并深入分析了治理型村庄社会的概念、特征及其重要意义。在分析现状、对比目标的基础上,总结出村民自治所存在的主要问题:一是治理的导向问题,主要表现为治理理念欠缺、治理内容片面。二是治理的环境问题,具体表现为国家的宏观环境问题和农村的微观环境问题。三是治理的主体问题,集中体现在主体的认定问题以及主体间关系问题。四是治理的社会基础问题,突出表现在社会认同度不高、公共社会薄弱。基于上述认识,本文认为必须综合考察农村的系统环境,深入分析村民自治的系统构成,全面把握村庄治理的现实问题,以系统治理为视角、以科学发展观为导向、以农村社会为基础,努力探索村民自治的创新完善之路、和谐村庄的民主治理之路、农村社会的科学发展之路。具体举措包括:着眼科学发展,立足三农实际,树立全新治理型导向;深化产权改革,完善财政制度,奠定治理型经济基础;理顺纵向关系,整合横向关系,塑造治理型权力体系;深化社会认同,搭建自治平台,建设治理型村庄社会;强化基础教育,增进政治教育,培育治理型村庄公民;完善国法国策,健全村规民约,构筑治理型制度保障。